在一般情况下，妻子不可以通过申请调查令自行向财付通公司查询丈夫的流水。以下是对此问题的详细分析：

一. 隐私权的保护

1. 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》第一千零三十二条，自然人享有隐私权。任何组织或者个人不得以刺探、侵扰、泄露、公开等方式侵害他人的隐私权。这意味着，除非有法律明确规定或合法授权，否则不得随意查询他人的私密信息，包括银行或财付通等金融机构的流水记录。
2. 隐私权的范围：隐私包括自然人的私人生活安宁和不愿为他人知晓的私密空间、私密活动、私密信息。丈夫的财付通流水记录显然属于其私密信息，受法律保护。

二. 夫妻财产权益与查询权限

1. 共同财产与个人财产：虽然《中华人民共和国民法典》第一千零六十二条规定了夫妻在婚姻关系存续期间所得财产为共同财产，但这并不意味着妻子有权随意查询丈夫的个人财务记录。同样，第一千零六十三条也明确了夫妻一方个人财产的范围，进一步强调了个人财产的独立性和隐私性。
2. 查询权限的限制：在法律没有明确规定或丈夫未明确授权的情况下，妻子无权自行向财付通公司查询丈夫的流水记录。这种查询行为可能构成对丈夫隐私权的侵犯。

三. 调查令的适用条件

1. 调查令的用途：调查令通常用于诉讼过程中，由法院根据案件需要向相关机构或个人发出，要求提供特定证据或信息。它并非一种可以随意申请的工具，而是有严格的适用条件和程序。
2. 非诉讼情况下的限制：在妻子不委托律师且未涉及诉讼的情况下，她通常无法获得法院颁发的调查令来查询丈夫的财付通流水。

综上所述，妻子在不委托律师且未涉及诉讼的情况下，无权自行向财付通公司查询丈夫的流水记录。这种行为可能侵犯丈夫的隐私权，且不符合法律对调查令的适用规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。