针对“处罚施工单位但施工单位不愿配合”的情况，核心结论是可通过法律程序、行政手段及协商调解等多途径解决，具体需结合处罚依据和施工单位不配合的表现形式选择合适策略。以下是分情况说明：

1. 若处罚依据为行政机关的行政处罚（如住建部门罚款、停工整改等）

• 法律程序强制执行：行政机关作出处罚决定后，若施工单位拒不履行（如不缴纳罚款、不停工整改），行政机关可依法申请法院强制执行（《行政强制法》第53条）。例如，住建部门可向法院申请冻结施工单位账户、查封设备或直接强制停工。
• 加重处罚风险：施工单位若在法定期限内不申请行政复议或提起行政诉讼，又不履行处罚决定，行政机关可每日按罚款数额的3%加处罚款（《行政处罚法》第72条），或采取其他更严厉的行政措施。
• 信用惩戒：将施工单位列入“黑名单”或不良信用记录，影响其后续投标资格（《建筑市场信用管理暂行办法》第14条），倒逼其配合。

2. 若处罚依据为合同约定（如建设单位因施工单位违约而处罚）

• 合同条款优先：需审查合同中是否明确约定了处罚条款（如违约金、扣款等）及施工单位不配合的后果。若条款合法有效，建设单位可直接依据合同扣除工程款或要求赔偿。
• 诉讼或仲裁：若施工单位拒绝接受合同处罚，建设单位可向法院起诉或申请仲裁，要求其履行合同义务或赔偿损失。需注意保留证据（如违约事实、沟通记录等）。
• 暂停支付工程款：在合同有约定且不违反法律强制性规定的前提下，建设单位可暂停支付后续工程款，但需避免被认定为“拖欠工程款”（需确保暂停支付与违约行为直接相关）。

3. 若施工单位不配合表现为抗拒现场检查、拒绝签收文书等

• 留置送达或公告送达：行政机关或建设单位可依法将处罚文书留置在施工单位办公场所，或通过公告方式送达（《民事诉讼法》第95条），确保程序合法。
• 第三方见证：邀请公证处、居委会或媒体等第三方见证处罚过程，增强证据效力。
• 报警处理：若施工单位采取暴力、威胁等方式阻碍执法，可立即报警，由公安机关依据《治安管理处罚法》第50条处理。

4. 协商调解的补充作用

• 利益平衡：若施工单位因经济困难等原因不愿配合，可尝试协商调整处罚方式（如分期缴纳罚款、延长整改期限），但需确保不损害公共利益或他人合法权益。
• 引入行业协会：通过建筑行业协会等第三方组织调解，利用行业规范促使施工单位配合。

行动建议：

1. 立即固定施工单位不配合的证据（如照片、视频、书面拒签记录等）；
   
2. 根据处罚主体（行政机关或建设单位）选择对应法律程序；
   
3. 若涉及复杂法律问题（如合同效力、行政程序合法性），可进一步向我咨询具体操作方案。