公司对员工区别对待是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
基于合法理由的区别对待
- 法律依据：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若区别对待是基于这些合法、合理的规章制度，且已履行了相应的民主程序，那么这种区别对待是合法的。
- 例子：公司根据员工的工作表现、岗位性质、工作年限等因素，制定不同的薪酬和晋升机制。这种区别对待是基于员工的实际贡献和岗位需求，符合法律法规的规定，因此是合法的。
基于非法理由的区别对待
- 法律依据：根据《劳动法》和《就业促进法》的相关规定，劳动者享有平等就业和选择职业的权利，不因民族、种族、性别、宗教信仰等不同而受歧视。若公司对员工进行区别对待是基于这些非法理由，如性别歧视、年龄歧视、种族歧视等，那么这种区别对待是违法的。
- 例子：公司仅因员工是女性就降低其薪酬或晋升机会，或者仅因员工年龄较大就拒绝录用或解雇，这些行为都构成了对员工的非法区别对待，违反了相关法律法规的规定。
特殊情况下的区别对待
- 法律依据：在某些特殊情况下，如员工怀孕、患病或非因工负伤等，公司可能需要根据法律法规的规定给予员工特殊的照顾和保护。这种区别对待是基于对员工特殊情况的考虑，符合法律法规的规定，因此是合法的。
- 例子：根据《女职工劳动保护特别规定》，女职工在孕期、产期、哺乳期内的，用人单位不得降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。这是对女职工的特殊保护，属于合法的区别对待。
法律建议：
- 若您认为公司对您的区别对待是违法的，您可以先与公司进行协商，要求公司纠正其违法行为。
- 若协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如工资单、工作记录、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。
可能法律后果：
- 若公司被认定存在违法的区别对待行为，可能需要承担相应的法律责任，如支付赔偿金、恢复劳动关系等。
- 同时，公司的违法行为也可能对其声誉和形象造成负面影响，影响其未来的招聘和业务发展。
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