员工在工作期间发生疾病是否算工伤，这确实是一个需要细致分析的问题。首先，我们要明确的是，并非所有在工作期间发生的疾病都能被认定为工伤，这需要根据具体情况、发病原因以及与工作的关联性来综合判断。
一、可能被认定为工伤的情况
因工作原因导致的疾病发作：
- 如果员工在工作时间和工作场所内，因为工作环境的恶劣、工作压力过大等直接工作原因，导致已有的疾病突然发作，这种情况是有可能被视为工伤的。比如，长期在噪音环境下工作导致听力受损的员工，在工作期间因噪音刺激导致听力疾病发作，就可能符合工伤认定的条件。
突发疾病死亡或在48小时内抢救无效死亡：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，员工在工作时间和工作岗位上突发疾病，并因此死亡或在48小时内经抢救无效死亡的，无论该疾病是否与工作直接相关，都视同工伤。这是法律对突发疾病导致严重后果的特殊认定，体现了对员工生命权的尊重和保护。
二、不被视为工伤的情况
疾病发作与工作原因无关：
- 如果员工的疾病发作完全是由于个人生活习惯、遗传因素等非工作原因导致的，即使发生在工作时间和工作场所内，也不应认定为工伤。比如，员工因个人饮食不规律导致的胃病发作，就不属于工伤范畴。
普通疾病发作且未导致严重后果：
- 对于普通的疾病发作，如慢性头痛、感冒等，如果并未造成严重后果（如死亡或48小时内抢救无效死亡），且发作与工作无直接关联，那么这种情况通常不被视为工伤。员工的医疗费用等应通过医疗保险等途径解决。
三、特殊情况下的处理建议
- 在某些特殊情况下，如员工在工作时间和工作岗位上突发疾病，虽然未立即死亡，但病情严重到无法继续工作，且该疾病与工作有一定的关联性（如长期劳累导致的身体机能下降而引发的疾病），员工或其家属可以向当地劳动和社会保障部门申请工伤认定。然而，这种情况下能否成功认定为工伤，取决于具体的事实情况和证据支持。因此，建议员工或其家属在申请前尽可能收集相关证据，如医疗证明、工作记录等，以支持其主张。
四、申请工伤认定的程序
- 如果对是否属于工伤存在争议，用人单位或劳动者有权按照法定程序向当地社会保险行政部门提出工伤认定申请。申请时应提供相关的医疗证明、事故报告等材料，以支持其主张。社会保险行政部门会根据相关法律法规和事实情况进行认定，并出具工伤认定决定书。
综上所述，员工在工作期间发生疾病是否算工伤，需要根据具体情况综合判断。在实际操作中，建议用人单位和劳动者在面临此类问题时，首先进行充分的沟通，并咨询当地的劳动保障行政部门或专业律师，以获取更准确的判断和专业的法律指导。这样不仅能确保双方的权益得到妥善保护，也能促进劳动关系的和谐稳定。