结论：借款5万还6万是否合法，需结合具体情况判断，主要看利息是否超过法定上限。

1. 利息未超过法定上限的情况

根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的利率上限为合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。假设当前一年期LPR为3.45%，则四倍为13.8%。若借款期限为一年，利息计算如下：

• 计算公式：利息 = 本金 × 年利率 × 借款期限
• 计算过程：50,000 × 13.8% × 1 = 6,900元

若双方约定的利息为1万元（即总还款6万），则年利率为20%（10,000 ÷ 50,000），超过了13.8%的法定上限。此时，超过部分（20% - 13.8% = 6.2%）不受法律保护，借款人可以拒绝支付超出部分的利息。

2. 利息超过法定上限的情况

若双方约定的利息明显过高，例如年利率超过36%（即“高利贷”），则超出部分不仅不受法律保护，还可能涉及违法。根据法律规定：

• 24%以下：法院支持出借人要求借款人支付利息。
• 24%-36%之间：法院不支持也不反对，借款人已支付的，出借人无需返还；未支付的，出借人无法通过法律途径要求支付。
• 超过36%：超出部分无效，借款人已支付的，可以要求出借人返还。

3. 其他注意事项

• 合同形式：民间借贷合同可以是书面或口头形式，但书面合同更有利于证明双方约定。
• 利息约定不明：若双方未明确约定利息，则视为无息借款，出借人无权要求支付利息。
• 复利问题：若双方约定“利滚利”（即复利），需确保最终利率不超过法定上限。

4. 建议

• 出借人：在约定利息时，务必确保不超过法定上限，否则超出部分无法通过法律途径追回。
• 借款人：若认为利息过高，可以拒绝支付超出部分，并通过法律途径维护自身权益。

总结：借款5万还6万是否合法，关键看利息是否超过法定上限。若利息在合理范围内（如不超过LPR的四倍），则合法；若利息过高，则超出部分不受法律保护。如有具体疑问，可以直接向我咨询。