在合作协议中约定仲裁，主要需关注仲裁条款的设定与仲裁程序的启动这两个核心环节。以下，我将从这两个方面为你详细阐述：
一、仲裁条款的设定
明确仲裁意愿：
- 在合作协议中，双方应明确表达通过仲裁解决争议的意愿。这通常体现在一个专门的仲裁条款中，该条款应作为协议的一部分，具有与协议其他条款同等的法律效力。
选定仲裁机构：
- 仲裁条款中应明确指定一个具体的仲裁机构，如“中国国际经济贸易仲裁委员会”或“北京仲裁委员会”等。选择仲裁机构时，应考虑其专业性、公正性以及双方当事人的便利性。
确定仲裁规则：
- 仲裁机构通常有其自己的仲裁规则，双方应在仲裁条款中明确约定适用哪一套仲裁规则。如果未明确约定，则通常适用仲裁机构所在地的仲裁规则或该机构默认的仲裁规则。
约定仲裁地点和语言：
- 仲裁地点和语言也是仲裁条款中需要明确的重要内容。仲裁地点的选择可能影响到仲裁程序的进行以及仲裁裁决的承认与执行。而语言的选择则关系到仲裁程序的效率和双方当事人的沟通。
仲裁条款示例：
- “双方因执行本合同所发生的或与本合同有关的一切争议，应首先通过友好协商解决；协商不成时，任何一方均有权将争议提交至[具体仲裁机构名称]按照其仲裁规则进行仲裁。仲裁地点为[具体地点]，仲裁语言为[具体语言]。仲裁裁决是终局的，对双方均有约束力。”
二、仲裁程序的启动
提交仲裁申请：
- 当一方认为合作协议中的争议无法通过协商解决时，可以向约定的仲裁机构提交仲裁申请。仲裁申请应包含双方当事人的基本信息、仲裁请求、事实与理由以及相关证据材料。
仲裁机构受理：
- 仲裁机构在收到仲裁申请后，会进行形式审查，确认申请是否符合仲裁规则的要求。如果符合，仲裁机构会正式受理案件，并通知双方当事人。
组成仲裁庭：
- 仲裁机构会根据案件的性质和复杂程度，以及双方当事人的意愿，组成仲裁庭。仲裁庭可以由一名或三名仲裁员组成，具体人数由双方约定或仲裁规则规定。
进行仲裁程序：
- 仲裁程序包括开庭审理、证据交换、辩论等环节。双方当事人有权在仲裁程序中陈述自己的观点，提供证据，并进行辩论。仲裁庭会根据双方当事人的陈述和证据，作出仲裁裁决。
执行仲裁裁决：
- 仲裁裁决作出后，双方当事人应自觉履行。如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向有管辖权的人民法院申请强制执行。
在设定仲裁条款和启动仲裁程序时，双方应充分了解仲裁的特点和优势，如仲裁的保密性、高效性、专业性以及仲裁裁决的终局性等。同时，双方也应遵守仲裁规则和程序，确保仲裁程序的顺利进行和仲裁裁决的有效执行。如果你在设定仲裁条款或启动仲裁程序过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询。