是的，工作中的劳动合同以及保密协议等文件，通常都应该是一式两份。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
法律要求角度：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。虽然法律并未明确规定劳动合同必须一式两份，但从实践和公平原则出发，一式两份是更为合理和常见的做法。这样，劳动者和用人单位可以各自持有一份，作为双方权利和义务的凭证。
- 对于保密协议等附加协议，同样建议一式两份。保密协议通常涉及用人单位的商业秘密或敏感信息，以及劳动者的保密义务和违约责任。一式两份可以确保双方对协议内容有清晰的了解，并在发生争议时提供有力的证据。
实践操作角度：
- 在实际操作中，一式两份的劳动合同和保密协议有助于保护双方的权益。劳动者可以保留一份作为自己权益的保障，用人单位也可以保留一份作为管理和监督的依据。
- 如果只有一份合同或协议，且由用人单位保管，那么劳动者在需要证明自己的权益或履行义务时可能会面临困难。同样，用人单位也可能因无法提供有效的合同或协议而面临法律风险。
争议解决角度：
- 在发生劳动争议时，劳动合同和保密协议是重要的证据材料。一式两份可以确保双方都能提供完整的证据，有助于争议的公正解决。
- 如果合同或协议只有一份，且存在争议或丢失的情况，那么双方可能需要花费更多的时间和精力去证明合同或协议的内容，甚至可能无法得到有效解决。
建议：
- 在签订劳动合同时，劳动者应主动要求用人单位提供一式两份的合同，并确保自己持有一份原件。
- 对于保密协议等附加协议，同样应要求一式两份，并仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到充分保护。
- 如果用人单位拒绝提供一式两份的合同或协议，劳动者可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
总之，一式两份的劳动合同和保密协议是保护双方权益、确保合同或协议有效执行的重要措施。如果你在签订或履行过程中遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。