结论：被冻结工程款后，仍然可以通过多种途径支付农民工工资，关键在于明确法律依据、采取合适的处理策略，并积极寻求政府部门与社会支持。
一、明确法律依据与支付义务
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。这一规定是保障农民工工资权益的基本法律原则，即使工程款被冻结，也不能成为拖欠农民工工资的理由。
专用账户保护：
- 《保障农民工工资支付条例》规定，施工总承包单位应开设农民工工资专用账户，该账户资金专项用于支付农民工工资，且除特定情形外，不得因其他原因被查封、冻结或划拨。这为农民工工资的支付提供了法律保障。
二、针对不同冻结情形的处理策略
农民工工资支付账户被冻结：
- 法律依据：若农民工工资支付账户因非本项目农民工工资原因被冻结，当事方应及时提出执行异议，利害关系人或银行业金融机构亦可依法提出异议。
- 处理办法：立即向冻结法院提交执行异议申请，并提供相关证明材料，如账户性质证明、工资支付记录等，以争取账户解冻，从而确保农民工工资的正常支付。
工程款作为到期债权被冻结：
- 法律依据：根据民事诉讼法解释，若债务人的财产不能满足保全请求，但对他人有到期债权的，法院可裁定该他人不得对债务人清偿，由法院提存财物或价款。
- 处理办法：
- 农民工可要求劳务公司、施工单位或施工总承包单位在不影响法院冻结措施的前提下，先行垫付农民工工资。
- 同时，可与债权人协商，寻求部分解封用于工资支付，或者通过和解协议等方式争取债权人的理解和支持。
向法院申请解封或参与分配：
- 解封申请：依据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》，可向法院申请解封部分资金用于支付农民工工资。需准备详细材料，如工资支付计划、农民工名单及工资数额等，并说明工资支付的紧迫性。
- 参与分配：若工程款不足以清偿所有债务，农民工作为债权人可申请参与分配。需提供债权证明等相关材料，如劳动合同、工资单等，以证明其对工程款的债权。
三、寻求政府部门与社会支持
劳动保障部门：
- 向劳动保障部门反映情况，利用其监管职责和应急周转金机制，协调解决农民工工资问题。劳动保障部门可以介入调查，并督促相关单位及时支付工资。
建设主管部门：
- 向建设主管部门报告问题，寻求其协调建设单位、施工单位等各方资源，共同寻找解决方案。建设主管部门可以组织各方进行协商，推动问题的妥善解决。
四、其他法律途径与注意事项
与债权人协商：
- 主动与债权人沟通，寻求理解和支持。通过和解协议等方式，争取部分资金用于工资支付，或者延长还款期限等，以减轻当前支付压力。
追讨其他款项：
- 利用法律途径追讨施工单位或相关责任人的其他合法债权或财产权益，优先用于支付农民工工资。这可以通过起诉、申请强制执行等方式实现。
维权途径与证据收集：
- 农民工应了解自己的权益，必要时可申请支付令、向劳动行政部门投诉、申请仲裁或提起诉讼。同时，务必保存好劳动关系证明、工资单、工时记录等相关证据，以便在维权过程中提供有力支持。
总结与建议：面对工程款被法院冻结导致的农民工工资支付问题，需综合运用法律、行政和社会资源等多种手段。建议相关单位和个人及时咨询专业律师（即我本人，黄祖军律师，专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域），根据具体情况制定合适的解决方案，确保农民工的合法权益得到及时有效的保障。