关于“工程款冻结农民工是否可以申请支付”的问题，这确实是一个涉及农民工权益保障的重要议题。以下是对此问题的详细解答：

首先，我们需要明确的是，工程款被冻结通常是由于相关的法律纠纷或债务问题导致的。在这种情况下，如果工程款中包含农民工的工资部分，且这部分资金被专门存放在农民工工资专用账户中，那么根据相关法律法规和政策，这部分资金是应当受到特殊保护的。

具体来说，根据最高人民法院、人力资源和社会保障部、中国银保监会联合发布的《关于做好防止农民工工资专用账户资金和工资保证金被查封、冻结或者划拨有关工作的通知》，农民工工资专用账户的资金是专门用于支付农民工工资的，不得被查封、冻结或者划拨，除非有法律另有规定。

因此，如果工程款被冻结，但其中包含农民工的工资部分，并且这部分资金存放在农民工工资专用账户中，那么农民工是有权申请支付这部分工资的。他们可以通过相关的法律途径，如向法院提出申请，要求解除对农民工工资专用账户的冻结，以便能够按时领取到自己的工资。

在实际操作中，如果农民工遇到工程款被冻结导致工资无法支付的情况，他们可以向当地的劳动监察部门或法律援助机构寻求帮助。这些机构可以提供专业的法律意见和援助，帮助农民工维护自己的合法权益。

综上所述，工程款冻结时，如果其中包含农民工的工资部分且存放在农民工工资专用账户中，农民工是有权申请支付这部分工资的。他们可以通过法律途径来维护自己的权益，确保能够按时领取到应得的工资。