工厂在员工辞职时扣钱，其合法性取决于扣钱的具体原因和依据。以下是对这一问题的详细分析：
合法扣钱的情况
劳动者违法解除劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者应提前三十日以书面形式通知用人单位解除劳动合同（试用期内为三日）。若劳动者未按规定提前通知并擅自离职，且给用人单位造成实际损失，工厂有权要求劳动者赔偿，并从工资中合理扣除相应费用。但工厂需承担举证责任，证明损失的存在及与劳动者行为的因果关系。
- 举例：如果员工未提前通知就离职，导致工厂生产线停滞，产生了额外的加班费用或订单违约赔偿，工厂在能证明这些损失与员工擅自离职有直接关系的情况下，可以合理扣除部分工资作为赔偿。
劳动者违反服务期约定：
- 依据《劳动合同法》第二十二条，若工厂为劳动者提供专项培训费用并约定服务期，劳动者在服务期内辞职需支付违约金。违约金的数额不得超过工厂提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
- 举例：工厂为员工支付了1万元的培训费用，并约定服务期为2年。员工在服务期满前1年辞职，那么员工需要支付的违约金不得超过5000元（即剩余1年服务期所应分摊的费用）。
劳动者违反竞业限制约定：
- 根据《劳动合同法》第二十三条，工厂可与劳动者约定竞业限制条款，并在劳动者违反时要求其支付违约金。工厂需在劳动合同或保密协议中明确约定竞业限制期限及经济补偿，且违约金数额需符合法律规定。
- 举例：员工在离职后违反了与工厂约定的竞业限制条款，如到竞争对手公司工作，工厂可以要求员工支付违约金，具体数额需根据双方约定和法律规定来确定。
不合法扣钱的情况
无合理理由随意扣钱：
- 工厂若无上述法定情形，仅因员工辞职就随意扣减工资，属于违法行为。工资是劳动者提供劳动的报酬，工厂应按劳动合同约定和国家规定及时足额支付。
- 举例：员工按照正常程序提出辞职，工厂却以“员工离职给工厂带来不便”为由扣减工资，这是不合法的。
以扣钱作为限制员工辞职的手段：
- 工厂不能通过扣钱来阻止员工辞职，这违反了《劳动合同法》赋予劳动者的辞职权利。劳动者享有自主择业权，只要按法定程序提出辞职，工厂就不能以不合理的扣钱方式加以限制。
- 举例：员工提出辞职后，工厂威胁说“如果辞职就扣一个月工资”，这种做法是违法的。
维权途径
若劳动者遇到工厂不合理扣钱的情况，可采取以下措施维护自己的合法权益：
- 协商解决：首先尝试与工厂进行沟通协商，寻求和解。
- 投诉举报：向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：若协商和投诉均无果，劳动者可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提起诉讼：对仲裁结果不服的，劳动者可依法向人民法院提起诉讼。
综上所述，工厂辞职扣钱的合法性需根据具体情况判断。劳动者在遇到此类问题时，应了解自己的权益和维权途径，确保自身合法权益不受侵害。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。