农民工在厂里辞职扣钱是否合法，需根据具体情况判断。以下是对这一问题的详细分析：
合法扣钱的情况
劳动者违法解除劳动合同：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者应提前三十日以书面形式通知用人单位解除劳动合同（试用期内为三日）。若农民工未按规定提前通知并擅自离职，且给工厂造成实际损失，工厂有权要求赔偿，并从工资中合理扣除相应费用。但工厂需承担举证责任，证明损失的存在及与劳动者行为的因果关系。
- 举例：如果农民工未提前通知就离职，导致工厂生产线停滞，造成直接经济损失，工厂在能证明损失与农民工离职行为有直接因果关系的情况下，可以合理扣除部分工资作为赔偿。
劳动者违反服务期约定：
- 依据《劳动合同法》第二十二条，若工厂为农民工提供专项培训费用并约定服务期，农民工在服务期内辞职需支付违约金。违约金的数额不得超过工厂提供的培训费用，且不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的费用。
- 举例：工厂为农民工支付了5000元的培训费用，并约定服务期为2年。若农民工在服务期内第1年辞职，则需支付的违约金不得超过2500元（即剩余1年服务期所应分摊的费用）。
劳动者违反竞业限制约定：
- 根据《劳动合同法》第二十三条，工厂可与农民工约定竞业限制条款，并在农民工违反时要求其支付违约金。工厂需在劳动合同或保密协议中明确约定竞业限制期限及经济补偿，且违约金数额需符合法律规定。
- 举例：若农民工在离职后违反竞业限制约定，到竞争对手公司工作，工厂有权要求其支付违约金，具体数额需根据双方约定及法律规定确定。
不合法扣钱的情况
无合理理由随意扣钱：
- 工厂若无上述法定情形，仅因农民工辞职就随意扣减工资，属于违法行为。工资是劳动者提供劳动的报酬，工厂应按劳动合同约定和国家规定及时足额支付。
- 举例：农民工按正常程序提出辞职，工厂却以“未找到接替人员”为由扣减工资，这是不合法的。
以扣钱作为限制员工辞职的手段：
- 工厂不能通过扣钱来阻止农民工辞职，这违反了《劳动合同法》赋予劳动者的辞职权利。劳动者享有自主择业权，只要按法定程序提出辞职，工厂就不能以不合理的扣钱方式加以限制。
- 举例：农民工提出辞职后，工厂威胁要扣减工资或奖金，以迫使其留下，这是违法的。
维权途径
若农民工遇到工厂不合理扣钱的情况，可采取以下措施维护自己的合法权益：
- 协商解决：首先尝试与工厂进行沟通协商，寻求和解。
- 投诉举报：向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。
- 申请劳动仲裁：若协商和投诉均无果，农民工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 提起诉讼：对仲裁结果不服的，农民工可依法向人民法院提起诉讼。
总结来说，农民工在厂里辞职扣钱是否合法，取决于扣钱的具体原因和依据。若工厂有合法理由，如劳动者违法解除劳动合同、违反服务期或竞业限制约定，则扣钱行为可能合法；若无合理理由随意扣钱或以扣钱作为限制员工辞职的手段，则属于违法行为。农民工在遇到此类问题时，应了解自己的权益和维权途径，确保自身合法权益不受侵害。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。