以租代购厂房的合法性主要取决于土地性质、租赁合同约定以及是否履行了合法的审批手续等多个因素。以下是对此问题的详细分析：
一、土地性质与使用权
土地性质符合规划要求：
- 厂房建设通常需要使用工业用地或建设用地。若租赁的土地属于此类，且土地用途在规划中明确允许建设厂房，则土地性质方面通常是合法的。
- 举例：若租赁的土地是政府规划中的工业园区用地，且规划用途为工业生产，那么在此土地上建设厂房是符合土地性质要求的。
取得合法土地使用权：
- 出租方需拥有合法的土地使用权，并有权将土地出租用于工业建设。承租方应核实出租方的土地使用权证和其他相关证明文件，确保租赁关系的合法性。
- 法律建议：在签订租赁合同前，承租方应要求出租方提供土地使用权证、规划许可证等文件，并进行仔细审查。
二、租赁合同约定
合同内容合法有效：
- 租赁合同应明确约定租赁土地的用途、期限、租金等事项，并确保合同内容符合法律法规的规定。合同中应明确允许承租人在该地块上建设厂房，并详细规定相关权利和义务。
- 法律风险：若合同中未明确允许建设厂房或存在其他违法条款，可能导致合同无效或引发法律纠纷。
合同条款清晰无歧义：
- 合同条款应清晰明确，避免产生歧义。特别是关于土地用途、建设责任、违约责任等方面的约定，应尽可能详细具体。
- 举例：合同中可以约定“承租方有权在租赁土地上建设厂房，但需自行办理相关审批手续，并承担全部建设责任和费用”。
三、审批手续完备性
办理建设审批手续：
- 即使土地性质允许建设厂房，也必须办理一系列审批手续，包括但不限于建设工程规划许可证、施工许可证等。这些证件是确保建设项目符合当地城市规划和土地使用规划的重要证明。
- 法律后果：未取得必要审批手续就开工建设，属于违法建设行为，可能面临被责令停止建设、限期改正、拆除违法建筑等行政处罚。
通过专项审批：
- 建设过程中还需通过环保、消防等相关部门的专项审批，确保项目符合环保要求和公共安全标准。
- 举例：若厂房建设涉及危险化学品存储或使用，还需通过安全生产监管部门的审批。
四、特殊情况说明
集体经营性建设用地：
- 根据《土地管理法》的相关规定，经依法登记的集体经营性建设用地，可以通过出租等方式交由单位或者个人使用。但需经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。
- 法律建议：若租赁的是集体经营性建设用地，应确保已履行相关民主决策程序，并签订合法有效的租赁合同。
土地流转与合同变更：
- 在土地流转过程中，双方应签订合法有效的合同，并明确双方的权利和义务。若土地流转后发生纠纷，应根据合同约定和法律法规进行解决。
- 举例：若原租赁合同未允许建设厂房，但双方协商一致后同意变更合同内容，应签订书面变更协议，并办理相关审批手续。
五、总结与建议
- 确保土地性质符合：在租赁土地前，应了解清楚土地的性质和用途，确保土地性质符合规划要求。
- 签订合法有效的租赁合同：租赁合同应明确约定租赁土地的用途、期限、租金等事项，并确保合同内容符合法律法规的规定。
- 办理完备的审批手续：在建设厂房前，应按照法定程序办理相关审批手续，确保建设项目的合法性和合规性。
- 咨询专业律师：若对土地性质、合同条款或审批手续等方面存在疑问，建议直接向我咨询，以避免法律风险和经济损失。
以租代购厂房的合法性需要综合考虑多个因素。只有在土地性质符合、租赁合同合法有效、审批手续完备的情况下，建设行为才是合法的。