如果工厂恶意针对员工，且员工属于劳动派遣的情况，员工可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
明确劳动关系与责任主体：
- 首先要明确的是，虽然员工在工厂工作，但劳动关系实际上是与劳务派遣单位建立的。因此，工厂的恶意针对行为，虽然直接作用于员工，但责任主体可能涉及劳务派遣单位和工厂双方。
- 根据《劳动合同法》的相关规定，劳务派遣单位应当履行对劳动者的义务，包括但不限于支付劳动报酬、提供劳动条件、保护劳动者合法权益等。如果工厂的行为侵犯了员工的合法权益，劳务派遣单位有责任协助员工维权。
收集证据：
- 员工应尽可能收集工厂恶意针对的证据，如工作记录、监控录像、同事证言、邮件或短信等书面证据。这些证据将有助于证明工厂的行为确实存在，并且对员工造成了不良影响。
与劳务派遣单位沟通：
- 员工应首先与劳务派遣单位沟通，说明工厂的行为，并要求劳务派遣单位采取措施保护员工的合法权益。劳务派遣单位有责任与工厂协商，要求工厂改正行为，并可能对工厂进行处罚。
向劳动监察部门投诉：
- 如果劳务派遣单位未能有效解决问题，员工可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门将依法对工厂的行为进行调查，并根据调查结果采取相应的措施，如责令改正、罚款等。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果工厂的行为严重侵犯了员工的合法权益，且上述措施均未能解决问题，员工可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。在劳动仲裁或诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明工厂的行为，并要求工厂承担相应的法律责任。
- 劳动仲裁流程：员工应向劳务派遣单位所在地或劳动合同履行地的劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请，并附上相关证据材料。仲裁委员会将依法进行审理，并作出裁决。
- 诉讼流程：如果员工对仲裁裁决不服，可以在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。法院将依法进行审理，并作出判决。
考虑解除劳动合同：
- 如果工厂的行为严重到足以使员工无法继续工作，员工可以考虑与劳务派遣单位协商解除劳动合同，并要求劳务派遣单位支付经济补偿金。根据《劳动合同法》的规定，因用人单位（此处指劳务派遣单位或工厂，视具体情况而定）的原因导致劳动合同解除的，用人单位应支付经济补偿金。
在处理此类问题时，员工应注意以下几点：
- 保持冷静与理性：面对工厂的恶意针对，员工应保持冷静与理性，避免采取过激行为导致问题复杂化。
- 及时寻求帮助：员工应及时向劳务派遣单位、劳动监察部门或法律专业人士寻求帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
- 了解法律法规：员工应了解相关的法律法规，如《劳动合同法》、《劳动争议调解仲裁法》等，以便在维权过程中有法可依、有据可循。
最后，如果员工在处理此类问题时遇到任何困难或疑问，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。