针对您提出的“单位违规发放补贴，主要负责人应如何处理”的问题，这确实是一个涉及纪律和法规的重要议题。以下是我根据相关法律法规和纪律规定，为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，违规发放补贴，包括自定薪酬、滥发津贴、补贴、奖金、福利等行为，是违反廉洁纪律的，也是对国有资产的侵蚀。这种行为看似是对干部职工的关心，实则是践踏纪法底线，慷公家之慨，揩公家之油。

对于单位违规发放补贴的情况，主要负责人作为直接责任者和领导责任者，将面临相应的纪律处分。根据《中国共产党纪律处分条例》第一百一十四条的规定，情节较轻的，将给予警告或者严重警告处分；情节较重的，将给予撤销党内职务或者留党察看处分；情节严重的，将给予开除党籍处分。此外，2023年修订的《条例》还增加了滥发福利的内容，进一步明确了违规行为的范围和处罚力度。

除了《中国共产党纪律处分条例》外，《中华人民共和国公职人员政务处分法》第三十五条、《事业单位工作人员处分规定》第二十条以及《国有企业管理人员处分条例》第二十条，也均对违规发放财物行为作出了处分规定，并列出了负面清单。这些规定共同构成了对违规发放补贴行为的全面约束。

在责任认定方面，如果违规发放补贴是由党组织集体决定的，那么参与集体决策的都属于责任人员。但是，如果在决策过程中有明确表明反对意见的人员，则不受追究。这体现了责任认定的公正性和合理性。

对于主要负责人来说，一旦发现单位存在违规发放补贴的情况，应立即采取措施进行纠正，并主动向相关部门报告。同时，要积极配合调查，如实说明情况，接受组织的处理。如果主要负责人本身就参与了违规发放补贴的行为，那么将面临更严厉的纪律处分。

此外，我还想强调的是，清理规范津贴、补贴、奖金是改革工资制度和规范收入分配秩序的一项重要措施，也是促进党风廉政建设、从源头预防和治理腐败的必然要求。因此，单位应严格按照规定执行薪酬制度，规范津补贴、奖金、福利等发放行为，坚决杜绝各种形式的违规发放。

综上所述，对于单位违规发放补贴的情况，主要负责人应承担相应的责任，并接受组织的处理。同时，单位也应加强内部管理，规范薪酬制度，防止类似问题的再次发生。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的咨询，请随时告诉我。