结论：由单位提出双方协商一致解除劳动合同的情况下，公司通常会配合离职，但具体配合程度及后续事宜需依据双方协商结果及法律规定来确定。以下从多个角度进行分析：
一、协商一致解除劳动合同的法律基础
根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。这是双方自愿、平等、协商一致的结果，具有法律效力。因此，在单位提出并双方协商一致的情况下，解除劳动合同是合法的，公司应当配合办理离职手续。
二、公司配合离职的具体表现
- 办理离职手续：公司应当按照法律规定和双方协商的结果，为劳动者办理离职手续，包括但不限于出具离职证明、办理社保和公积金转移等。
- 支付经济补偿：如果双方协商一致解除劳动合同，且符合《劳动合同法》规定的支付经济补偿的情形，公司应当按照法律规定向劳动者支付经济补偿。
- 结算工资和福利：公司应当与劳动者结算至离职之日的工资和应享受的福利待遇，确保劳动者的合法权益不受损害。
三、可能存在的风险及防范
- 协商不一致的风险：虽然单位提出了协商一致解除劳动合同，但如果双方在具体条款上无法达成一致，如经济补偿金额、离职时间等，可能导致协商破裂。此时，劳动者可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，维护自己的合法权益。
- 公司不配合的风险：尽管协商一致，但公司可能因各种原因不配合办理离职手续或支付经济补偿。此时，劳动者可以依据《劳动合同法》的相关规定，向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司履行义务。
- 防范建议：
- 保留证据：劳动者在协商过程中应当保留好相关证据，如协商记录、邮件、短信等，以备不时之需。
- 明确条款：在协商一致解除劳动合同时，双方应当明确各项条款，包括离职时间、经济补偿金额、工资结算等，并签订书面协议。
- 及时咨询：如遇复杂情况或不确定如何处理时，劳动者可以及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的处理
- 孕期、产期、哺乳期女职工：根据《劳动合同法》的规定，孕期、产期、哺乳期的女职工不得因协商一致解除劳动合同而遭受不利待遇。如果单位提出协商一致解除劳动合同，应当充分考虑女职工的特殊情况，并依法支付经济补偿。
- 工伤职工：对于工伤职工，单位在提出协商一致解除劳动合同时，应当按照《工伤保险条例》的规定支付一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金等费用。
总结与建议：由单位提出双方协商一致解除劳动合同的情况下，公司通常会配合离职。但为了确保自己的合法权益不受损害，劳动者在协商过程中应当保留好相关证据、明确各项条款，并在必要时及时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。