结论：有字号的个体工商户的被告以经营者为被告起诉，且经营者应诉，这一程序本身并不违法。但具体是否构成程序瑕疵或错误，需结合案件具体情况及法院的审理来判断。
分析说明：
个体工商户的诉讼主体资格：
- 根据相关法律规定，个体工商户在民事诉讼中，既可以以营业执照上登记的经营者为当事人，也可以以字号为当事人。但需注意，若以字号为当事人，应同时注明经营者的基本信息。
- 在实际操作中，如果原告选择以经营者为被告起诉，这是符合法律规定的，因为经营者作为个体工商户的实际运营者，对个体工商户的债务和责任承担直接的法律后果。
经营者应诉的合法性：
- 经营者作为被告，在收到法院的应诉通知后，有权也有义务进行应诉。应诉是被告行使诉讼权利、履行诉讼义务的重要方式。
- 经营者应诉并不违反任何法律规定，反而体现了其对诉讼程序的尊重和配合。
程序是否违法的判断：
- 程序违法通常指的是诉讼过程中违反了法律规定的诉讼程序或诉讼规则。在本案例中，原告以经营者为被告起诉，经营者应诉，这一过程并未违反任何诉讼程序或规则。
- 然而，如果法院在审理过程中发现原告起诉的对象有误（例如，本应以字号为被告却起诉了经营者，且字号与经营者并非同一主体，且存在其他应承担责任的主体），或者存在其他影响案件公正审理的程序性问题，那么法院可能会根据具体情况进行相应的处理，如裁定驳回起诉、要求原告变更被告等。但这并不意味着原告起诉经营者或经营者应诉本身构成程序违法。
特殊场景：
- 如果个体工商户的字号与经营者并非同一法律主体（尽管在大多数情况下，个体工商户的字号与经营者是紧密关联的），且原告错误地仅起诉了经营者而未起诉字号或其他应承担责任的主体，那么这可能会影响到案件的审理和责任的承担。但即便如此，这也不构成程序违法，而是属于诉讼策略或法律认知的问题。
行动建议：
- 对于原告而言，在起诉前应仔细审查被告的主体资格，确保起诉的对象正确无误。
- 对于经营者而言，在收到应诉通知后，应积极应诉，并可根据案件情况考虑是否需要提出反诉或追加被告等诉讼策略。
- 如果双方对诉讼程序或法律适用存在疑问，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
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