结论前置：迟到三天算旷工是否合法，主要取决于用人单位规章制度的合法性、合理性以及迟到行为的具体情况。以下从多个角度进行分析：
一、规章制度的合法性
制定程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 如果用人单位的规章制度未经此民主程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么该规章制度可能不具有法律效力，因此将迟到三天算旷工的规定也可能不合法。
内容合法性：
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯劳动者的合法权益。
- 如果规章制度中将迟到三天直接视为旷工，且未考虑迟到的具体原因、频率以及对工作的影响等因素，可能过于严苛，不符合公平合理的原则，从而被视为无效条款。
二、迟到与旷工的区分
法律定义：
- 旷工通常指员工无正当理由不请假、不上班的行为，具有主观故意性。
- 迟到则是指员工未能按照约定的时间到达工作岗位，但并未完全缺勤。
合理性考量：
- 将迟到三天直接视为旷工，可能忽略了迟到的具体原因和情节，如交通拥堵、突发疾病等不可抗力因素导致的迟到。
- 如果迟到行为并未对用人单位的生产经营秩序造成严重影响，那么将其视为旷工并进行严厉处罚可能显失公平。
三、具体判断标准
是否经过民主程序：
- 如果用人单位在制定规章制度时，已经按照法定程序征求了职工的意见，并与工会或职工代表进行了协商，且该制度已向全体员工公示，那么从程序上看，该规定可能是合法的。
内容是否合理：
- 需要考虑迟到三天是否构成严重违反公司规章制度的行为。一般来说，单次迟到的后果应根据公司的具体规定和实际情况来判断。
- 如果将轻微的迟到行为（如每次迟到几分钟）累计三次就视为旷工，可能过于严苛，不符合公平合理的原则。
是否存在其他替代措施：
- 用人单位在处理员工迟到问题时，应优先考虑采取警告、罚款等其他更为温和的措施，而非直接视为旷工。
四、法律后果与建议
法律后果：
- 如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或者内容显失公平，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认该规定无效。
- 如果因迟到被错误地视为旷工而被解除劳动合同，劳动者可以依法主张违法解除劳动合同的赔偿金。
建议：
- 对于用人单位：应确保规章制度的制定符合法定程序，内容合理合法，并在处理员工迟到问题时保持公正和公平。同时，可以考虑设置合理的迟到容忍度或采取其他替代措施来处理迟到问题。
- 对于劳动者：应了解并遵守用人单位的规章制度，如有异议应及时与用人单位沟通或通过合法途径维护自己的权益。如果认为用人单位的处理方式不合法或不合理，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或寻求其他法律援助。
总结：迟到三天算旷工是否合法，取决于用人单位规章制度的合法性、合理性以及迟到行为的具体情况。用人单位在制定和执行相关制度时，应严格遵守国家法律法规，确保规章制度的合理性和公平性。同时，劳动者也应了解自己的权益，并在必要时采取合适的措施维护自己的合法权益。如果您有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。