三次迟到算一次旷工是否合法，这主要取决于用人单位规章制度的制定程序和内容是否符合法律规定。以下从几个关键角度进行分析：
规章制度的制定程序：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，并与工会或者职工代表平等协商确定。这一程序确保了规章制度的民主性和合法性。
- 如果用人单位的规章制度未经此程序制定，或者未向劳动者公示或告知，那么该规章制度可能被视为无效，以此为依据将三次迟到算作一次旷工的规定也就不合法。
规章制度的内容合理性：
- 规章制度的内容应当合理，不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯劳动者的合法权益。将三次迟到视为旷工一天的规定，如果过于严苛，不符合公平合理的原则，可能被视为无效条款。
- 例如，如果每次迟到仅几分钟，且未对工作造成实质性影响，那么将三次这样的迟到累计视为旷工一天，显然对劳动者不公平。
是否存在其他替代措施：
- 用人单位在处理员工迟到问题时，应优先考虑采取警告、罚款等其他更为温和的措施。直接将三次迟到视为旷工，可能缺乏必要的灵活性和人性化考虑。
- 如果用人单位能够证明迟到行为确实对工作造成了严重影响，且已经采取了其他措施但无效，那么在这种情况下，将三次迟到视为旷工可能更为合理。
法律后果与建议：
- 如果用人单位的规章制度未经过民主程序制定，或者内容显失公平，劳动者有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认该规定无效。
- 如果因迟到被错误地视为旷工而被解除劳动合同，劳动者可以依法主张违法解除劳动合同的赔偿金。
- 对于用人单位，应确保规章制度的制定符合法定程序，内容合理合法，并在处理员工迟到问题时保持公正和公平。同时，考虑引入更灵活的考勤管理制度，如弹性工作时间、迟到缓冲时间等，以减少因迟到引发的劳动争议。
- 对于劳动者，应了解并遵守用人单位的规章制度，如有异议应及时与用人单位沟通或通过合法途径维护自己的权益。同时，尽量保持良好的出勤记录，避免不必要的迟到行为。
综上所述，三次迟到算一次旷工是否合法，取决于用人单位规章制度的制定程序和内容是否符合法律规定。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。