结论前置：迟到三小时是否算旷工，主要取决于用人单位规章制度的合法性、合理性以及迟到行为的具体情况，在大多数情况下，直接将迟到三小时认定为旷工是不合法的。以下从多个角度进行分析：
一、从规章制度合法性角度分析
制定程序合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。若“迟到三小时算旷工”的规定未经此民主程序制定，则该规定不合法。
- 规章制度必须公示或告知劳动者，确保劳动者知晓其内容。若用人单位未以合理方式告知员工该规定，则该规定对员工不产生效力。
内容合法性：
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，也不得侵犯劳动者的合法权益。将迟到三小时直接认定为旷工，可能违反了合理性原则，因为旷工通常指员工无正当理由不请假、不上班的行为，而迟到三小时可能由不可抗力或客观意外情况导致，并非员工主观上完全不提供劳动。
二、从合理性角度分析
违背公平原则：
- 迟到三小时可能由多种原因导致，如交通拥堵、恶劣天气或突发疾病等，并非员工主观上故意缺勤。因此，将迟到三小时等同于旷工一天显然违背了公平原则。
处罚与过错程度不匹配：
- 迟到三小时对用人单位的生产经营秩序影响相对较小，合理的处罚方式应是扣除相应时间的工资或进行警告等轻微处罚。而将迟到三小时认定为旷工，可能导致扣除员工一整天的工资，甚至影响全勤奖、绩效考核等其他利益，这种处罚明显与员工的过错程度不匹配。
三、从实际操作建议角度分析
查看合同与规定：
- 员工应首先查看劳动合同和公司规章制度中是否有关于迟到与旷工的具体约定。若合同中有明确且合法的约定，则应按约定执行；若无明确约定或约定不合法，则可与公司协商解决。
协商解决：
- 若员工认为公司的做法侵犯了自己的合法权益，应首先与公司进行协商解决，寻求双方都能接受的解决方案。
投诉与仲裁：
- 若协商不成，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。在投诉或仲裁过程中，员工应提供充分的证据来证明公司的做法不合法或不合理。
总结与建议：在大多数情况下，直接将迟到三小时认定为旷工是不合法的。用人单位在制定相关规章制度时应遵循法律法规的基本原则，确保规定的合理性与合法性，并在制定过程中充分听取员工的意见与建议。同时，员工也应了解自己的合法权益，并在遇到问题时积极寻求法律途径来维护自己的权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。