结论：可以在离职证明中写明员工因严重违反公司规章制度而解除劳动合同，但需满足一定条件，且要注意避免可能引发的法律风险。

详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。这一条款为公司在离职证明中注明解除原因提供了法律依据。

2. 条件满足：

   • 规章制度合法且公示：公司制度必须内容合法、程序民主（如经职工代表大会讨论），并向员工公示或告知。这是确保制度有效性的基础，也是后续在离职证明中注明解除原因的前提。
   • “严重”的界定标准：通常包括多次违规、造成重大损失（如经济损失超一定金额）、影响恶劣（如泄露商业秘密）等。公司需要明确“严重违反规章制度”的具体标准，并在离职证明中准确描述员工的违规行为及后果。
   • 证据链完整性：需有书面记录（如警告信、监控录像、邮件往来）证明违规行为及后果。这是支持离职证明中解除原因的关键证据，也是避免法律纠纷的重要保障。

3. 法律风险与应对：

   • 制度瑕疵风险：若制度未经民主程序或未公示，可能被认定违法解除，此时在离职证明中注明解除原因可能引发法律纠纷。公司应确保制度的合法性和公示性，以降低风险。
   • 程序缺失风险：未通知工会或未提前沟通可能引发争议。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十七条，建立了工会组织的用人单位解除劳动合同符合劳动合同法第三十九条、第四十条规定，但未按照劳动合同法第四十三条规定事先通知工会，劳动者以用人单位违法解除劳动合同为由请求用人单位支付赔偿金的，人民法院应予支持。因此，公司在解除劳动合同时应履行通知工会的程序（如有），并在离职证明中注明已履行相关程序。
   • 证据不足风险：仅凭口头陈述无法支持辞退决定，也无法在离职证明中准确注明解除原因。公司应确保每次违纪处理均形成书面文件并由员工签字，以形成完整的证据链。

4. 实操建议：

   • 制度优化：定期审查规章制度，确保符合最新法律法规要求，并明确“严重违反规章制度”的具体标准。
   • 培训宣导：新员工入职时专项培训制度要点，留存签到记录，确保员工了解并遵守公司制度。
   • 案例警示：通过内部通报典型案例强化规则意识，减少违规行为的发生。
   • 离职证明撰写：在离职证明中准确、客观地描述员工的违规行为及后果，并注明解除劳动合同的依据和程序已履行。避免使用模糊或主观性的语言，以降低法律风险。

后续行动建议：

• 如果公司决定在离职证明中注明员工因严重违反公司规章制度而解除劳动合同，应确保满足上述条件，并准备好相关证据以支持解除决定。
• 如果员工对离职证明中的内容有异议，公司应积极与员工沟通协商，解释解除原因和依据，以避免法律纠纷的发生。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。