擅自改变房屋用途进行商业经营造成侵权的，赔偿方式主要包括恢复原状、赔偿损失以及可能的惩罚性赔偿。以下是对这一结论的详细阐述：
恢复原状：
- 如果侵权行为尚未造成房屋结构的严重破坏，或者可以通过修复恢复到原有用途，那么侵权人应当承担恢复原状的责任。这包括修复房屋受损部分，以及将房屋恢复到原有的居住或用途状态。
赔偿损失：
- 赔偿损失是侵权赔偿的主要内容。这包括因侵权行为给房屋所有权人或使用权人造成的直接经济损失，如房屋租金损失、修复费用、因无法使用房屋而产生的额外支出等。
- 赔偿数额的确定，通常需要根据实际损失情况，结合相关证据进行具体计算。如果双方无法就赔偿数额达成一致，可以通过诉讼或仲裁程序由法院或仲裁机构进行裁决。
惩罚性赔偿：
- 在某些情况下，如果侵权行为特别严重，或者侵权人存在故意或恶意侵权的行为，法院可能会判决侵权人承担惩罚性赔偿责任。惩罚性赔偿的数额通常高于实际损失，以起到对侵权行为的震慑和惩罚作用。
在处理此类侵权赔偿问题时，建议首先与侵权人进行协商，尝试通过和解的方式解决纠纷。如果协商无果，可以及时向法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。同时，在诉讼过程中，要注意收集并保存相关证据，以证明侵权行为的存在和损失的发生。