核心结论：公司通过第三方发工资却扣钱，可能涉及违法或违规操作，您有权要求公司及第三方说明扣款原因，并可通过协商、投诉或法律途径维护自身权益。以下从不同角度展开说明：

1. 扣款是否合法？需先明确扣款依据

• 合法扣款情形：根据《工资支付暂行规定》，公司可依法代扣代缴个人所得税、社保个人部分、法院判决的抚养费等法定项目。若第三方扣款属于此类，公司需提供完税证明、社保缴费记录等凭证。
• 违法扣款情形：若扣款无合法依据（如以“服务费”“管理费”等名义随意扣减），或未提前告知员工并经其同意，则涉嫌违反《劳动合同法》第38条（未及时足额支付劳动报酬），您有权要求补发工资并主张经济补偿。

2. 第三方发工资的法律性质

• 委托支付关系：公司委托第三方（如人力资源公司、支付平台）代发工资，不影响公司与您之间的劳动关系。第三方仅是“支付工具”，扣款责任仍由公司承担。
• 例外情形：若您与第三方签订了劳务协议（如通过外包、派遣形式用工），则需根据协议约定判断扣款是否合理，但第三方仍需遵守《民法典》中关于合同履行的规定（如不得擅自变更合同内容）。

3. 维权步骤建议

• 第一步：要求书面说明
  向公司或第三方发出书面通知（如邮件、微信），要求其说明扣款的具体项目、金额、计算依据及法律依据，并保留沟通记录。
• 第二步：协商与投诉
  若对方拒绝说明或扣款不合理，可向公司所在地劳动监察大队投诉（需提供劳动合同、工资条、扣款记录等证据），或通过“全国根治欠薪线索反映平台”在线提交投诉。
• 第三步：申请劳动仲裁
  若投诉无果，可向劳动合同履行地或公司所在地的劳动仲裁委员会申请仲裁，主张补发工资、加付赔偿金（如适用）及解除合同的经济补偿（如因扣款被迫离职）。

4. 注意事项

• 证据收集：务必保存工资条、银行流水（显示扣款明细）、劳动合同、公司通知等材料，这是维权的关键。
• 时效限制：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算，建议尽快行动。
• 避免“自愿”陷阱：若公司要求您签署“自愿扣款协议”，需谨慎评估内容合法性，此类协议可能因显失公平或违反强制性规定而被认定无效。

总结：第三方发工资本身不违法，但随意扣款可能侵害您的权益。建议先通过沟通明确扣款原因，再根据情况选择投诉或仲裁。如有进一步疑问或需要协助准备材料，可直接向我咨询。