结论：某公司股东在有业务指导的事业单位以合同制身份工作，是否违规需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 从事业单位管理规定角度：

   • 事业单位通常有其内部的管理规定和规章制度，这些规定可能涉及员工兼职、外部任职等方面的限制。如果该事业单位明确规定员工不得在其他公司担任股东或进行其他形式的外部任职，而该股东仍然以合同制身份在该事业单位工作并同时担任公司股东，那么这种行为可能违反了事业单位的内部管理规定。
   • 建议：股东应仔细查阅事业单位的相关规章制度，了解是否有关于外部任职或兼职的限制，并确保自己的行为符合这些规定。

2. 从公司法及股东义务角度：

   • 作为公司股东，股东有义务遵守公司章程和法律法规，不得损害公司利益。如果股东在事业单位的工作与公司在业务上存在竞争关系，或者股东利用在事业单位的地位和资源为公司谋取不正当利益，那么这种行为可能违反了股东义务，甚至可能构成不正当竞争或利益输送等违法行为。
   • 建议：股东应确保自己在事业单位的工作不会与公司业务产生冲突，也不会损害公司利益。如果存在潜在冲突，应及时向公司披露并寻求解决方案。

3. 从合同制员工身份角度：

   • 合同制员工通常与事业单位签订劳动合同，约定双方的权利和义务。如果劳动合同中明确规定了员工不得在其他公司担任股东或进行其他形式的外部任职，而股东仍然违反这一约定，那么事业单位有权依据劳动合同追究股东的违约责任。
   • 建议：股东应仔细审查与事业单位签订的劳动合同，了解是否有关于外部任职或兼职的限制条款，并确保自己的行为符合合同约定。

4. 从法律法规角度：

   • 目前，我国法律法规并未明确禁止事业单位合同制员工在其他公司担任股东。但是，如果股东的行为违反了相关法律法规（如反不正当竞争法、公司法等），或者构成了利益输送、贪污受贿等违法行为，那么将受到法律的制裁。
   • 建议：股东应确保自己的行为符合相关法律法规的规定，避免涉及任何违法行为。

综合建议：

• 股东应全面了解并遵守事业单位的内部管理规定、公司章程、劳动合同以及相关法律法规。
• 如果股东在事业单位的工作与公司在业务上存在潜在冲突或利益关联，应及时向公司和事业单位披露，并寻求合规的解决方案。
• 如有任何疑问或不确定之处，建议股东直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律意见。