在备案的合同和实际履行的施工合同不一致的情况下，判断以哪个为准需综合考虑工程性质、合同内容的一致性以及相关法律法规的规定。以下是对这一问题的详细分析：
一、工程性质与合同效力
公共工程：
- 法律依据：根据《招标投标法》及相关司法解释，公共工程涉及国家公共利益，必须经过公开招投标程序，且备案合同具有更高的法律效力和公信力。
- 处理原则：对于必须招投标的公共工程，如果备案合同与实际履行合同存在实质性不一致，一般应以备案的施工合同为准。这是因为备案合同是经过公开招投标程序确定的，更能体现公平、公正的原则。
非公共工程：
- 法律依据：如果建设工程不属于依法必须进行招标的项目，那么当事人之间签订的实际施工合同，只要不违反法律法规的强制性规定，就是有效的。
- 处理原则：在非公共工程或未涉及必须招投标的情形下，如果实际施工合同依法成立并生效，且双方在实际履行过程中均按照该合同执行，那么一般应以实际施工合同为准。
二、合同内容一致性判断
内容一致：
- 如果备案的施工合同和实际施工合同在内容上是一致的，那么两者都具有法律效力，且效力相同。在这种情况下，无论以哪份合同为准，都不会对当事人的权利义务产生实质性影响。
内容不一致：
- 实质性不一致：如果两份合同在工程价款、工程范围、工程质量等关键条款上存在实质性不一致，且该工程属于必须招投标的公共工程，那么根据最高人民法院的司法解释，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
- 非实质性不一致：如果两份合同的差异并不构成实质性内容的不一致，或者该工程不属于必须招投标的公共工程，那么需要根据具体情况来判断哪份合同更能反映双方的真实意图。这通常需要考虑双方的实际履行情况、证据材料等因素。
三、实际履行情况的考量
- 合同履行情况：法院在审理此类纠纷时，会重点审查双方实际履行的合同内容。如果双方在实际履行过程中，按照某份合同的约定进行了工程施工、价款支付等行为，且该行为持续了一段时间且未被对方提出异议，那么该合同更有可能被认定为有效合同。
- 证据材料：当事人应提供充分的证据材料来证明实际履行的合同内容。这些证据可能包括施工图纸、工程进度报告、价款支付凭证、往来函件等。通过对比不同合同与实际履行情况的吻合度，可以判断哪份合同更符合双方的真实意思表示。
四、特殊情况的处理
合同无效情形：
- 如果实际履行的施工合同存在违法违规情形（如转包、违法分包等），导致合同无效，那么即使该合同反映了双方的真实意思表示，也不能作为结算工程价款的依据。此时，应根据相关法律法规和司法解释的规定，确定工程价款的结算方式。
备案合同的特殊作用：
- 在某些情况下，备案合同可能具有特殊的法律效力。例如，在涉及工程质量保修、税费缴纳等问题时，备案合同可能作为相关部门的执法依据。因此，在处理此类纠纷时，需要综合考虑备案合同的特殊作用。
五、建议与风险提示
- 建议：在签订施工合同时，应确保合同内容明确、具体，并尽量避免出现“阴阳合同”的情况。如果确实需要变更合同内容，应及时签订补充协议，并确保补充协议的内容与实际履行情况一致。同时，应及时向相关部门提交更新后的合同进行备案，以确保合规性。
- 风险提示：如果备案合同与实际履行合同存在不一致，且未能及时妥善处理，可能会引发法律纠纷，给当事人带来不必要的损失。因此，在处理此类问题时，应谨慎对待，并寻求专业法律支持。
综上所述，备案的合同和实际履行的施工合同不一致时，判断以哪个为准需综合考虑多个因素。如果你在此类问题上遇到困惑或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。