关于员工迟到扣除全勤奖是否合法的问题，结论如下：
- 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，则扣除全勤奖通常合法。
- 若公司规章制度不合法或员工不知悉、不同意，则扣除全勤奖可能构成违法行为。
详细分析：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
- 规章制度制定程序：公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。例如，公司可以通过内部公告、员工手册发放或电子邮件等方式确保员工知悉规章制度。
- 劳动合同约定：如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但需要注意的是，劳动合同中的约定不得违反法律法规的强制性规定。
二、法律法规的遵循
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即规章制度或劳动合同中的明确规定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。如果规章制度中的扣除全勤奖规定违反了这些强制性规定，那么该规定可能因违法而无效。
三、规章制度的合理性与公平性
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施。例如，可以规定每月迟到不超过一定次数或时长，超过部分才扣除全勤奖。
四、员工权益的保障
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。在协商过程中，员工可以要求公司提供扣除全勤奖的合法依据和规章制度。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动仲裁机构将根据相关法律法规和规章制度进行裁决。
五、实践建议
- 公司方面：在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。同时，劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，以确保双方权益的明确性。在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性，避免因过度惩罚而导致员工的不满和纠纷。
- 员工方面：应仔细阅读并理解公司的规章制度和劳动合同中的相关条款。如果认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以及时与公司沟通协商或寻求法律援助。
举例说明：
假设某公司规章制度中明确规定：“员工每月迟到超过3次或迟到时长超过30分钟，将扣除当月全勤奖。”该规定已经过职工代表大会讨论通过并向员工公示。如果某员工某月迟到4次且迟到时长超过30分钟，那么公司按照规章制度扣除其全勤奖是合法的。但如果公司规章制度中未明确规定迟到扣除全勤奖的具体标准或未经民主程序制定和公示，那么公司随意扣除全勤奖就可能构成违法行为。
总结：
迟到扣除全勤奖的合法性是一个综合考量的问题，需要综合考虑公司规章制度、劳动合同以及相关法律法规的规定。只有在确保各方面都符合法律要求的前提下，公司才能合法地执行相关制度并维护良好的劳动关系。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。