关于“员工迟到一分钟扣掉全勤是否合法”的问题，结论前置如下：
- 若公司规章制度合法且员工已知悉并同意，迟到一分钟扣全勤通常合法；
- 若规章制度未经合法程序制定、未向员工公示或告知，或扣除全勤奖的规定明显不合理，则可能构成违法行为。
详细分析如下：
一、公司规章制度与劳动合同的合法性
- 规章制度制定程序：公司有权在规章制度中设定考勤管理等行为规范，但这些规定必须经过民主程序（如职工代表大会讨论通过）并向劳动者公示或告知。只有这样，规章制度才具备法律效力。若公司未遵循这些程序，规章制度可能被视为无效，迟到一分钟扣全勤的规定也就失去了合法依据。
- 劳动合同约定：如果劳动合同或相关文件中明确规定了迟到将扣除全勤奖或相应工资，并且员工已签署同意，那么公司按照约定执行是合法的。但同样，这种约定也必须建立在规章制度合法且员工已知悉并同意的基础上。
二、法律法规的遵循
- 根据《中华人民共和国劳动法》等法律法规，员工的工资应当按时足额支付，不得无故克扣或拖欠。因此，公司扣除全勤奖必须有合法依据，即规章制度或劳动合同中的明确规定。
- 规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如最低工资标准、加班费等。若扣除全勤奖的规定违反了这些强制性规定，即使规章制度中有相关规定，也可能因违法而无效。
三、规章制度的合理性与公平性
- 公司在设置全勤奖及相应的扣除规则时，应确保其合理性和公平性。例如，全勤奖的金额不应过高，占工资的比例应适中，避免因一次迟到就导致员工工资收入大幅减少。对于迟到一分钟就扣全勤的规定，可能因过于严格而被视为不合理。
- 同时，公司应设置合理的迟到次数和时长限制，以及相应的处罚措施。对于偶尔迟到且有合理原因的员工，公司可以酌情考虑不扣除全勤奖，体现人性化管理。
四、员工权益的保障
- 如果员工认为公司扣除全勤奖的行为不合法或不合理，可以与公司进行协商解决。在协商过程中，员工可以要求公司提供扣除全勤奖的合法依据，并指出规章制度或劳动合同中存在的问题。
- 协商不成的情况下，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。劳动监察部门或劳动争议仲裁委员会将对公司的规章制度进行审查，并判断其是否合法、合理。
实践建议：
- 公司在制定或修改规章制度时，应确保遵循民主程序和公示要求，并充分考虑员工的意见和建议。同时，规章制度的内容应合理、公平，避免过于严格或不合理。
- 劳动合同中应明确约定与考勤管理相关的条款，包括全勤奖的发放条件和扣除规则等。这有助于明确双方权益，减少纠纷的发生。
- 公司在执行规章制度时，应确保其公平性和合理性。对于偶尔迟到且有合理原因的员工，公司可以酌情考虑不扣除全勤奖；对于经常迟到且无正当理由的员工，公司则可以按照规章制度执行扣除全勤奖的处罚。
最后，若你对公司扣除全勤奖的行为有疑问或不满，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。