司机开车违章罚款的承担主体需分情况讨论，具体如下：

1. 若司机与公司之间为劳动关系
   根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但违章罚款属于行政处罚，性质上不属于“经济损失”，因此公司无权要求司机承担罚款。
   例外情形：若司机因故意或重大过失导致违章（如酒驾、肇事逃逸等），公司可依据内部规章制度对司机进行纪律处分（如警告、扣发奖金等），但罚款仍需由公司承担。

2. 若司机与公司之间为劳务关系或承揽关系

   • 劳务关系：根据《民法典》第一千一百九十二条，提供劳务一方因劳务造成他人损害的，由接受劳务一方承担侵权责任。若违章罚款系因执行工作任务产生（如公司要求超速送货），则应由公司承担；若系司机个人行为（如私自用车违章），则由司机自行承担。
     
   • 承揽关系：若司机以个人名义承揽运输任务（如挂靠经营），则违章罚款原则上由司机自行承担，除非公司存在过错（如未提供合规车辆）。

3. 特殊情形：公司车辆管理责任
   若公司未履行车辆管理义务（如未定期检修导致刹车失灵引发违章），公司可能需承担部分责任。此外，若公司通过内部规定将罚款转嫁司机（如“违章罚款从工资扣除”），该规定因违反《行政处罚法》第十八条（禁止委托其他组织实施行政处罚）而无效。

建议：

• 对司机而言：保留违章记录、劳动合同等证据，若公司要求扣款可向劳动监察部门投诉；
  
• 对公司而言：完善车辆管理制度，明确违章责任划分，避免通过非法方式转嫁罚款。
  

如有进一步细节（如具体违章情形、合同条款等），可继续向我咨询。