在涉及屠宰案件中生猪被没收的情况，处理方式主要依据相关法律法规进行，以下是详细的处理流程和要点：
没收程序的合法性：
- 首先，要确认没收生猪的程序是否合法。根据《中华人民共和国行政处罚法》及相关动物防疫、屠宰管理法规，行政机关在作出没收决定时，必须遵循法定程序，包括出示执法证件、告知当事人权利、听取当事人陈述和申辩等。如果程序不合法，当事人有权提出异议并要求撤销没收决定。
没收后的生猪处理：
- 无害化处理：如果没收的生猪存在疫病、死亡或其他不符合食品安全标准的情况，根据《中华人民共和国动物防疫法》的规定，应当进行无害化处理，如焚烧、深埋等，以防止疫病传播和环境污染。
- 拍卖或变卖：对于健康且符合食品安全标准的生猪，行政机关在作出没收决定后，可以依法进行拍卖或变卖。所得款项应上缴国库，同时，如果当事人对没收决定有异议并提起行政诉讼或行政复议，且最终胜诉，那么这部分款项可能会根据判决或裁决结果进行退还或处理。
- 特定情况下的处理：在某些特殊情况下，如生猪属于国家保护动物或存在其他特殊情形，可能需要按照特定法律法规进行处理，如移交相关部门进行保护或处置。
当事人的权利与救济：
- 陈述与申辩：在没收过程中，当事人有权进行陈述和申辩，提出自己的意见和理由。
- 行政复议与行政诉讼：如果当事人对没收决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。
- 赔偿请求：如果没收决定被撤销或变更，且因此给当事人造成损失的，当事人有权依法提出赔偿请求。
法律责任与监管：
- 行政机关的责任：行政机关在没收生猪过程中必须严格遵守法律法规，如果存在违法行为或滥用职权的情况，将承担相应的法律责任。
- 监管与检查：相关部门应加强对屠宰活动的监管和检查，确保屠宰过程符合法律法规要求，防止非法屠宰和疫病传播。
总结来说，屠宰案件中生猪被没收后的处理方式主要依据相关法律法规进行，包括无害化处理、拍卖或变卖以及特定情况下的处理。同时，当事人也享有相应的权利与救济途径，如陈述与申辩、行政复议与行政诉讼以及赔偿请求等。如果你或他人遇到此类情况，建议及时咨询并了解相关法律法规和程序要求，以便更好地维护自己的合法权益。