可以就与公司签订的待岗协议申请劳动仲裁。以下从不同角度为你详细分析：

待岗协议的合法性及争议点

待岗协议本身并不违法，但需要满足一定的条件。根据相关法律规定，用人单位在特定情况下，如生产经营困难、停工停产等，可以安排劳动者待岗，并与劳动者协商一致签订待岗协议。然而，在实际操作中，待岗协议的签订往往存在诸多争议点，例如：

1. 待岗原因是否合理：用人单位需要证明待岗是由于生产经营困难、停工停产等客观原因导致的，而非主观恶意安排。如果用人单位无法提供充分证据证明待岗的合理性，那么待岗协议可能被认定为无效。
2. 待岗期间待遇是否合法：待岗期间，用人单位应当按照不低于当地最低工资标准的80%支付劳动者基本生活费。如果用人单位支付的待遇低于这一标准，或者未支付任何待遇，那么劳动者有权要求用人单位补足差额或支付全部待遇。
3. 待岗期限是否明确：待岗协议应当明确待岗的期限。如果待岗期限过长，或者用人单位在待岗期限届满后未安排劳动者复工，那么劳动者有权要求解除劳动合同并获得相应的经济补偿。

申请劳动仲裁的理由

如果劳动者认为待岗协议存在上述争议点，或者用人单位在待岗期间存在其他违法行为（如拖欠工资、未缴纳社会保险等），那么劳动者可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求用人单位承担相应的法律责任。具体来说，劳动者可以基于以下理由申请劳动仲裁：

1. 待岗协议无效：如果待岗协议存在违法情形（如待岗原因不合理、待遇不合法等），劳动者可以主张待岗协议无效，并要求用人单位按照正常工作期间的工资标准支付工资。
2. 用人单位违法行为：如果用人单位在待岗期间存在拖欠工资、未缴纳社会保险等违法行为，劳动者可以要求用人单位补足工资、补缴社会保险，并可能要求用人单位支付经济补偿金。
3. 解除劳动合同并获得经济补偿：如果待岗期限过长，或者用人单位在待岗期限届满后未安排劳动者复工，劳动者可以要求解除劳动合同，并获得相应的经济补偿。

申请劳动仲裁的流程

如果劳动者决定申请劳动仲裁，可以按照以下流程进行：

1. 准备证据材料：包括待岗协议、工资条、银行流水、工作证等能够证明劳动关系和待岗事实的证据。
2. 提交仲裁申请：向当地劳动仲裁机构提交仲裁申请，并附上相关证据材料。
3. 参加仲裁庭审：按照仲裁机构的要求参加庭审，陈述事实、提供证据，并进行辩论。
4. 等待仲裁裁决：仲裁机构将在庭审结束后作出裁决，劳动者需要等待裁决结果。

在申请劳动仲裁的过程中，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。