用人单位申请劳动能力再次鉴定时，交通费原则上由用人单位承担，但具体需结合实际情况和地方规定判断。以下从不同角度详细分析：

1. 法律原则与责任归属

根据《工伤保险条例》及相关规定，劳动能力鉴定是工伤保险待遇确定的核心环节，用人单位有义务配合完成鉴定程序。若用人单位对初次鉴定结果有异议并申请再次鉴定，属于其履行法定义务的延伸行为，因此产生的合理费用（如交通费）应由用人单位自行承担。
例外情形：若劳动者因用人单位申请再次鉴定而额外产生交通费（如从外地返回鉴定机构），且该费用与工伤治疗或康复直接相关，部分地区可能支持由工伤保险基金或用人单位承担，但需以地方具体规定为准。

2. 地方性规定的差异

部分省份对劳动能力鉴定费用（含交通费）有细化规定，例如：

• 广东省：根据《广东省工伤保险条例》，劳动能力鉴定费用（包括交通费）由工伤保险基金支付，但仅限于“因工负伤或患职业病的职工”的鉴定费用。若用人单位申请再次鉴定，费用是否由基金承担需结合当地社保部门解释。
  
• 江苏省：明确规定“用人单位申请再次鉴定的，费用由用人单位承担”，但未单独提及交通费，实践中通常参照鉴定费用处理。
  建议：劳动者可向当地社保部门或劳动能力鉴定委员会咨询具体政策，或要求用人单位提供地方性文件依据。

3. 劳动者权益保护角度

若用人单位以“申请再次鉴定”为由要求劳动者承担交通费，劳动者可主张以下权利：

• 拒绝支付：除非地方规定明确要求劳动者分担，否则用人单位无权强制扣减工资或要求劳动者垫付。
  
• 投诉渠道：若用人单位拒不承担合理费用，劳动者可向当地劳动监察大队投诉，或通过劳动仲裁主张权益。
  示例：若劳动者因用人单位申请再次鉴定需从外地返回，产生高铁票费用500元，用人单位拒绝支付，劳动者可要求用人单位提供“费用应由劳动者承担”的法律依据，否则有权拒绝支付。

4. 实务操作建议

• 保留证据：劳动者应保存交通费票据（如高铁票、出租车发票），并注明“因用人单位申请再次鉴定产生”，以备后续维权。
  
• 协商优先：建议劳动者与用人单位协商解决费用承担问题，避免因小额费用激化矛盾。
  
• 法律途径：若协商无果，劳动者可在劳动仲裁中一并主张交通费赔偿，需提供鉴定通知书、交通费票据等证据。

总结：用人单位申请劳动能力再次鉴定时，交通费原则上由用人单位承担，但需结合地方规定和实际情况判断。劳动者若遇到费用争议，可优先咨询当地社保部门或向我进一步提问，我会结合具体省份政策为您分析。