劳动合同中约定工资基数包含加班费，在符合法定条件且确保劳动者权益不受损害的情况下，可以认定为合法；但若违反法律强制性规定或损害劳动者利益，则为不合法。以下是对这一问题的详细分析：
一、不合法的情况
违反法律强制性规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，用人单位应按规定标准支付加班费，这是法律的强制性要求。若劳动合同中的约定导致用人单位在正常工资中变相压低基本工资，或在加班时以“已包含加班费”为由拒绝按法定标准支付，则违反了法律的强制性规定，此种约定不合法。
- 加班时间的不确定性不影响加班费作为额外报酬的性质，因此不能简单地将加班费包含在固定工资中。
未明确加班工资数额和计算方式：
- 如果劳动合同中虽然约定了工资包含加班费，但未具体说明加班工资的计算基数、计算方式及支付标准，或者约定的加班工资低于法定标准，这种约定可能被视为无效。
二、合法的情况
依法足额支付且不低于法定标准：
- 用人单位能证明在劳动合同约定工资包含加班费的情况下，实际支付给劳动者的工资总额中已按法定加班工资计算标准足额支付了加班费用。
- 劳动者的实际收入未因这种约定而减少，且不低于当地最低工资标准和法定加班工资计算标准。
- 在特殊行业或岗位中，若工作时间难以常规区分，用人单位可与劳动者协商采用包含加班费的工资约定方式，但需确保劳动者加班权益得到充分保障。
明确约定且符合法规：
- 劳动合同中应明确约定加班工资的具体数额、计算方式以及支付标准。
- 劳资双方约定的加班薪酬应是劳动者总工资收入的一部分，同时还应包括计时工资、计件酬金、津贴奖励等福利。
- 折算后正常工作时间工资不得低于当地最低工资标准。
三、建议与注意事项
合同条款清晰：
- 在劳动合同中应明确约定工资构成、加班费计算方式及支付时间等关键条款，避免模糊不清导致后续纠纷。例如，可以明确约定“月工资为XX元，其中包含每月可能产生的加班费，加班费按照法定标准计算并支付”。
保留证据：
- 用人单位应妥善保存考勤记录、工资支付凭证等证据材料，以便在必要时证明其已经依法支付了加班费。劳动者也应保留好自己的工资条、考勤记录等证据，以备不时之需。
合规操作：
- 用人单位应严格遵守国家关于工作时间和休息休假的规定，合理安排劳动者的工作时间和休息时间，避免过度加班。同时，应确保加班费的计算和支付符合法律法规的要求。
关注地方政策差异：
- 不同地区对于工资包含加班费的约定可能存在不同的政策和规定。因此，在签订劳动合同时，应关注当地的相关政策和法规要求，确保合同条款的合法性和有效性。
举例说明：假设某公司与员工签订的劳动合同中明确约定：“月工资为6000元，其中包含每月可能产生的加班费，加班费按照法定标准计算并支付。”若该员工在某月加班了若干小时，公司按照约定的计算方式和标准支付了加班费，且员工的实际收入不低于按照法定标准计算的应得收入，则这种约定是合法有效的。然而，如果公司未按照约定支付加班费或支付的金额低于法定标准，那么员工有权要求公司补足差额或采取其他法律措施维护自己的权益。
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