将批来的宅基地用来建厂房，一般不由农业农村部门直接查处，但农业农村部门可能会参与相关管理或监督工作，具体查处部门需根据实际情况判断。以下从不同角度为你详细分析：
宅基地用途的法律规定
宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，其用途具有特定性，即主要用于居住用途。根据《土地管理法》等相关法律法规，宅基地的使用应当符合土地利用总体规划和村庄规划，不得擅自改变用途。将宅基地用于建厂房，显然改变了宅基地的居住用途，属于违法行为。
查处部门的确定
自然资源部门：
- 自然资源部门（原国土资源部门）是土地管理的主要部门，负责土地资源的规划、管理、保护和合理利用。
- 对于擅自改变宅基地用途的行为，自然资源部门有权进行查处，包括责令停止违法行为、限期改正、罚款等。
农业农村部门：
- 农业农村部门主要负责农村经济发展、农村土地承包管理、农村集体资产管理等方面的工作。
- 虽然农业农村部门不直接负责土地违法行为的查处，但在宅基地管理方面，农业农村部门可能会参与相关政策的制定、宣传和监督工作。例如，农业农村部门可能会与自然资源部门联合开展宅基地管理专项行动，共同打击违法用地行为。
乡镇政府：
- 乡镇政府作为基层政府，对辖区内的土地管理负有直接责任。
- 对于发现的宅基地违法用地行为，乡镇政府有权进行制止、报告，并协助上级部门进行查处。
法律后果与建议
- 法律后果：将宅基地用于建厂房，可能面临责令停止违法行为、限期拆除建筑物、恢复土地原状、罚款等法律后果。如果情节严重，还可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
- 建议：如果你已经将宅基地用于建厂房，或者计划这样做，我建议你立即停止违法行为，并咨询当地自然资源部门或乡镇政府，了解如何合法合规地使用宅基地。如果你已经面临查处，我建议你积极配合相关部门的工作，主动拆除违法建筑物，恢复土地原状，以减轻法律后果。
在实际操作中，不同地区的具体查处部门可能有所不同，且可能涉及多个部门的联合执法。因此，如果你对宅基地的使用有疑问或遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。