行政协议变更引发的纠纷，适用起诉期限而非诉讼时效。具体分析如下：
一、法律依据与区分
根据《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十五条，公民、法人或者其他组织对行政机关变更、解除行政协议的行政行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。这一规定明确区分了行政协议纠纷中的两种情形：
不依法履行或未按约定履行行政协议：这类纠纷的诉讼时效参照民事法律规范确定，即一般诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
变更、解除行政协议的行政行为：这类纠纷则适用起诉期限，依照行政诉讼法及其司法解释确定。根据《中华人民共和国行政诉讼法》的规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起六个月内提出，法律另有规定的除外。
二、起诉期限的具体适用
在行政协议变更引发的纠纷中，由于涉及的是行政机关的行政行为（即变更行政协议），因此应当适用起诉期限。起诉期限是行政诉讼中的特有制度，旨在督促行政相对人及时行使诉权，维护行政法律关系的稳定。
起诉期限的计算：起诉期限一般自知道或者应当知道行政行为作出之日起计算。如果行政机关在作出行政行为时未告知公民、法人或者其他组织诉权或者起诉期限的，，起诉期限从公民、法人或者其他组织知道或者应当知道诉权或者起诉期限之日起计算，但从知道或者应当知道行政行为内容之日起最长不得超过一年。
特殊情形的考虑：如果行政协议中明确约定了履行期限或争议解决方式，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么应当按照约定的内容来确定起诉期限。但需要注意的是，这种约定不能改变起诉期限作为行政诉讼特有制度的本质。
三、法律后果与建议
法律后果：如果公民、法人或者其他组织未在起诉期限内提起诉讼，将丧失通过行政诉讼途径维护自身权益的机会。因此，及时行使诉权至关重要。
建议：在面临行政协议变更引发的纠纷时，建议公民、法人或者其他组织及时咨询专业律师，了解具体的起诉期限和诉讼策略。同时，注意保留相关证据材料，以便在诉讼中证明自己的主张。
综上所述，行政协议变更引发的纠纷适用起诉期限而非诉讼时效。在处理此类纠纷时，应当严格依照行政诉讼法及其司法解释的规定来确定起诉期限，并及时行使诉权以维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。