行政机关单方变更协议的起诉期，一般适用六个月的起诉期限，但具体需结合协议性质及法律规定综合判断。以下分情况详细说明：

1. 若协议属于行政协议范畴
   根据《行政诉讼法》第四十六条及《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》第二十五条，公民、法人或其他组织对行政机关单方变更行政协议的行为不服的，应当自知道或应当知道该行为之日起六个月内提起行政诉讼。
   例外情形：若法律、法规对起诉期限有特别规定（如涉及不动产的协议可能适用二十年最长保护期），则从其规定。

2. 若协议被认定为民事合同
   若协议性质被认定为民事合同（如政府与社会资本合作中部分非行政性协议），则适用《民法典》第一百八十八条规定的三年诉讼时效，自权利人知道或应当知道权利受损之日起计算。但需注意：

   • 若行政机关变更协议的行为同时构成行政行为（如单方强制变更），仍可能优先适用行政诉讼起诉期；
     
   • 实践中对协议性质认定存在争议时，需结合协议内容、履行方式等综合判断。

3. 起诉期起算点的关键判断
   无论适用何种期限，起算点均为“知道或应当知道行政机关变更协议之日”。实践中需注意：

   • 行政机关未依法送达变更通知的，可能从相对人实际知晓或通过合理途径应知晓之日起算；
     
   • 若相对人长期未行使权利且无不可抗力等正当理由，可能面临超过起诉期或诉讼时效的风险。

建议：若您遇到行政机关单方变更协议的情形，建议尽快固定相关证据（如协议文本、变更通知、沟通记录等），并委托律师分析协议性质及起诉期起算点，避免因期限问题丧失救济权利。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件情况。