关于停薪留职保留劳动关系的处理，这确实是一个涉及劳动法和企业改制等多方面规定的复杂问题。以下是我为您详细梳理的相关信息和处理建议：
一、停薪留职的基本概念
停薪留职，通常指的是职工在一定期限内离开工作岗位，但保留与企业的劳动关系，期间不享受工资、津贴、补贴等福利待遇，但社会保险等可能仍需按约定缴纳。这一制度多见于计划经济向市场经济转型时期，是特定历史背景下的产物。
二、停薪留职期间劳动关系的保留
合同约定：停薪留职期间，职工与企业的劳动关系是否保留，首先应依据双方签订的劳动合同或停薪留职协议来确定。如果合同或协议中明确规定了停薪留职期间劳动关系保留，那么企业应继续履行相关义务，如社会保险的缴纳等。
法律法规：根据《劳动人事部、国家经委关于企业职工要求“停薪留职”问题的通知》等相关规定，停薪留职期间，职工不享受各种津贴、补贴和劳保福利待遇，但劳动关系并未完全解除。然而，具体规定可能因地区和行业而异，需结合当地政策执行。
三、企业改制时停薪留职人员的处理
人员范围：在企业改制过程中，对于停薪留职等离岗人员，如果依照有关规定清理后仍保留劳动关系的，应列入企业改制的人员范围。这意味着，这些人员在改制后仍可能保留与企业的劳动关系。
职工安置方案：企业改制时，应制定职工安置方案，并广泛听取工会和职工的意见。对于停薪留职人员，方案中应明确其安置方式，如是否继续保留劳动关系、是否支付经济补偿金等。
社会保险缴纳：改制后的企业应按照统筹管理的规定重新进行社会保险登记，并继续为包括停薪留职人员在内的所有职工缴纳社会保险费。职工在改制前后的缴费年限（含视同缴费年限）应合并计算。
四、实际操作建议
审查合同与协议：首先，应仔细审查与停薪留职人员签订的劳动合同或停薪留职协议，明确双方的权利和义务。
制定安置方案：根据企业改制的具体情况和停薪留职人员的实际情况，制定合理的职工安置方案，并确保方案符合相关法律法规和政策要求。
沟通与协商：在制定和实施安置方案过程中，应积极与停薪留职人员进行沟通和协商，充分听取他们的意见和建议，确保方案的公平性和合理性。
依法操作：在整个处理过程中，应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保操作的合法性和合规性。
五、案例参考
以平阴县人民法院审结的因停薪留职问题而引发的民事纠纷为例，该案例表明，在停薪留职期间，职工未向企业提供正常劳动，双方的劳动关系处于中止状态，不享受各种津贴、补贴和劳保福利待遇。因此，在处理停薪留职保留劳动关系的问题时，应充分考虑这一特殊背景下的劳动关系特点。
综上所述，停薪留职保留劳动关系的处理需要综合考虑合同约定、法律法规、企业改制情况以及职工实际情况等多方面因素。在实际操作中，应依法依规进行，确保处理的公平性和合理性。