运输行业收到发票内容为“包干费”是否合法，需分情况讨论，关键在于该费用是否符合实际业务性质、是否真实发生以及是否符合税法规定。具体分析如下：

1. 若“包干费”实际为运输服务费用的合理概括
   根据《民法典》第八百零九条，运输合同中承运人收取的费用应与实际提供的服务内容相符。若“包干费”是双方约定的、涵盖装卸、仓储、保险等增值服务的综合费用，且费用金额与市场行情相符，则属于合法收费。此时发票内容虽为“包干费”，但只要能通过合同、服务清单等证据证明费用构成的真实性，税务机关通常认可其合法性。

2. 若“包干费”为虚构或变相虚开发票
   若企业通过“包干费”名义虚增成本、少缴税款（例如将个人消费、非运输相关费用包装为包干费），或开具与实际业务不符的发票，则涉嫌违反《税收征收管理法》第六十三条（偷税）及《发票管理办法》第二十二条（虚开发票）。税务机关可追缴税款、加收滞纳金，并处以罚款；情节严重的，可能构成逃税罪或虚开发票罪。

3. 税务合规建议

   • 明确费用构成：在合同中详细列明“包干费”包含的具体服务项目（如装卸费、保险费等），避免模糊表述。
     
   • 保留证据：留存服务记录、付款凭证等，证明费用与实际业务相关。
     
   • 合规开票：确保发票内容与实际业务一致，若包干费包含多项服务，可要求分开开具或备注明细。
     

总结：发票内容为“包干费”本身不违法，但需以真实业务为基础。若您遇到税务稽查或发票合规问题，可进一步提供具体业务场景，我将结合税法条款为您分析风险点。