结论：普通发票开具时不体现运费是否合法，需结合具体交易模式、合同约定及税务合规要求综合判断，以下分情况说明：

1. 若运费属于交易价款的一部分（如“货价+运费”合并计价）
   根据《增值税暂行条例》及实施细则，销售货物或提供应税劳务的价款和价外费用（如运输费）应一并开具发票。若合同明确约定运费由销售方承担，或虽由购买方承担但未单独列示，则发票金额应包含运费，此时不体现运费可能涉嫌少计收入，存在税务风险（如被税务机关认定为未如实申报纳税）。

2. 若运费由购买方另行支付且与货物价款分离（如“到付运费”）
   根据《发票管理办法》及实施细则，发票内容应与实际交易相符。若运费由购买方直接支付给第三方运输公司，且销售方未收取该费用，则发票可仅开具货物价款，不体现运费合法。但需注意：

   • 销售方需留存运输合同、付款凭证等证据，证明运费与自身无关；
     
   • 若销售方代收代付运费（如“代垫运费”），则需按“价外费用”处理，将运费并入销售额开具发票。
     

3. 若通过“拆分发票”规避税收（如将运费单独开具给第三方）
   若销售方为少缴税款，故意将运费部分不开具发票或开具给其他主体，可能构成《税收征收管理法》第六十三条规定的“偷税”行为，面临补缴税款、滞纳金及罚款风险，情节严重者可能承担刑事责任。

实务建议：

• 合同中明确运费承担方及支付方式（如“含运费/不含运费”“到付/预付”）；
  
• 发票内容与实际交易一致，避免“货价”与“运费”混同或分离不当；
  
• 保留运输合同、付款记录等证据，以备税务检查。
  

如有具体交易场景或合同条款需进一步分析，可直接向我咨询。