是的，除了法院以外，仲裁机构也有权认定格式条款无效。这一结论的法律依据主要来源于《中华人民共和国仲裁法》以及《中华人民共和国民法典》中关于格式条款的相关规定。
法律依据分析
《中华人民共和国仲裁法》的相关规定：
- 仲裁机构作为独立的争议解决机构，其职责是根据双方当事人的仲裁协议，对提交的争议进行裁决。在裁决过程中，仲裁机构有权对合同中的条款进行审查，包括格式条款。
- 如果仲裁机构认为格式条款存在《中华人民共和国民法典》中规定的无效情形（如免除其责任、加重对方责任、排除对方主要权利等），则有权认定该格式条款无效。
《中华人民共和国民法典》中关于格式条款的规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十七条，有下列情形之一的，该格式条款无效：
- 具有本法第一编第六章第三节和本法第五百零六条规定的无效情形；
- 提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利；
- 提供格式条款一方排除对方主要权利。
- 这些规定为仲裁机构认定格式条款无效提供了明确的法律依据。
实际应用中的考虑
- 仲裁协议的重要性：双方当事人需要在合同中明确约定仲裁条款，或者事后达成仲裁协议，才能将争议提交给仲裁机构进行裁决。
- 仲裁机构的独立性：仲裁机构在裁决过程中保持独立，不受任何一方当事人的影响，确保裁决的公正性和客观性。
- 格式条款的审查：仲裁机构在审查格式条款时，会综合考虑条款的内容、目的、行业惯例以及双方当事人的交易习惯等因素，以判断条款是否有效。
举例说明
假设甲乙双方签订了一份买卖合同，其中包含了由甲方提供的格式条款，该条款免除了甲方在产品质量问题上的所有责任。后来，因产品质量问题发生争议，乙方根据合同中的仲裁条款向仲裁机构申请仲裁。在仲裁过程中，仲裁机构认为该格式条款不合理地免除了甲方的责任，违反了《中华人民共和国民法典》的相关规定，因此认定该格式条款无效，并裁决甲方承担相应的产品质量责任。
总结来说，仲裁机构确实有权认定格式条款无效，这一权力来源于《中华人民共和国仲裁法》以及《中华人民共和国民法典》中关于格式条款的相关规定。在实际应用中，双方当事人应明确约定仲裁条款，并了解仲裁机构在裁决过程中的独立性和公正性。如果您在合同纠纷中遇到格式条款无效的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。