格式条款无效的情况下，仲裁机构仍然可以受理相关争议，但能否实际进行仲裁裁决需视具体无效情形及双方能否达成补充协议而定。以下从不同角度详细分析：
一、仲裁协议无效的法定情形
根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条和第十八条，仲裁协议在以下情形下无效：
约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围：
- 仲裁适用于平等主体之间的合同纠纷和其他财产权益纠纷，但婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷及依法应由行政机关处理的行政争议等不属于仲裁受理范围。若格式条款中的仲裁条款涉及这些不可仲裁事项，则该条款无效。
仲裁协议的主体不合格：
- 无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议无效。这两类人因缺乏完全的行为能力，无法对自己的行为承担完全的法律责任，故他们订立的仲裁协议不具有法律效力。
仲裁协议的内容不明确或无法实现：
- 仲裁协议需明确约定仲裁事项和选定的仲裁委员会。若格式条款中的仲裁协议未约定或约定不明确，且当事人无法达成补充协议，则仲裁协议无效。
仲裁协议的形式要件不符合要求：
- 尽管《中华人民共和国仲裁法》未直接规定仲裁协议必须采用书面形式，但在司法实践中，口头订立的仲裁协议通常不被认可。书面形式有助于固定双方当事人的意思表示，减少争议和误解。因此，若格式条款中的仲裁协议未以书面形式订立，或书面形式不明确，可能导致仲裁协议的无效。
一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议：
- 若格式条款中的仲裁协议是一方采取胁迫手段迫使对方订立的，则该仲裁协议无效。自愿原则是仲裁制度的根本原则，仲裁协议的订立必须是双方当事人在平等协商基础上的真实意思表示。
二、仲裁协议无效后的处理
仲裁机构受理与审查：
- 即使格式条款中的仲裁协议存在无效情形，仲裁机构在受理案件时仍会进行初步审查。若发现仲裁协议无效，仲裁机构可能会根据相关规定，如《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第二百一十六条，裁定驳回起诉或告知当事人向人民法院提起诉讼。
当事人达成补充协议：
- 若仲裁协议因内容不明确或无法实现而无效，但当事人能够就仲裁事项和选定的仲裁委员会达成补充协议，则仲裁协议可以视为有效，仲裁机构可以继续进行仲裁程序。
向人民法院提起诉讼：
- 若仲裁协议无效且当事人无法达成补充协议，或者仲裁协议因其他法定情形而无效，则当事人可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
三、实际案例与启示
- 案例：某公司与其员工在劳动合同中约定了仲裁条款，但该条款未明确选定仲裁委员会。后双方因劳动争议发生纠纷，员工向仲裁机构申请仲裁。仲裁机构在受理案件后，发现仲裁条款未明确选定仲裁委员会，且双方无法就此达成补充协议，因此裁定驳回员工的仲裁申请，并告知其可以向人民法院提起诉讼。
- 启示：在签订仲裁协议时，双方应仔细审查协议内容，确保约定的仲裁事项在法律规定的范围内，协议主体具备完全行为能力，协议内容明确且可实现，协议形式符合法律要求。特别是对于格式条款中的仲裁协议，更应谨慎审查，避免因无效情形而导致争议无法通过仲裁程序解决。
总结来说，格式条款无效并不意味着仲裁机构完全不能受理相关争议。在受理案件时，仲裁机构会进行初步审查，并根据审查结果决定是否继续进行仲裁程序。若仲裁协议无效且当事人无法达成补充协议，或者仲裁协议因其他法定情形而无效，则当事人可以向人民法院提起诉讼。因此，在签订仲裁协议时，双方应确保协议内容合法、有效且明确，以避免不必要的争议和损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。