针对您提出的“员工起诉公司赔偿的加班费个税如何申报”的问题，这主要涉及到个人所得税的申报流程，尤其是当加班费作为赔偿收入时如何处理。以下是一个清晰、详细且深入的解答：
一、加班费赔偿与个人所得税的关系
首先，需要明确的是，员工因加班而获得的赔偿（即加班费）属于个人所得税的应税收入范畴。根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，个人因任职或受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或受雇有关的其他所得，均应缴纳个人所得税。因此，加班费作为赔偿收入，同样需要申报并缴纳个人所得税。
二、申报流程
确定应纳税所得额：
- 加班费赔偿应计入员工的工资薪金总额中，作为应纳税所得额的一部分。
- 如果员工当月还有其他工资薪金收入，应将加班费与其他收入合并计算应纳税所得额。
选择申报方式：
- 月度或季度预缴申报：如果公司按月或季度发放工资并预缴个人所得税，员工应在每月或每季度终了后的15日内，通过填报《个人所得税经营所得纳税申报表(A表)》（若为员工个人申报且非经营所得，则通常使用其他相应申报表，如《个人所得税扣缴申报表》）及其他相关资料，向经营管理所在地或扣缴义务人所在地的主管税务机关办理预缴纳税申报。但需注意，对于工资薪金所得，通常是由公司作为扣缴义务人进行预扣预缴，员工个人无需直接申报。
- 年度汇算清缴：在次年3月1日至6月30日期间，员工需要进行个人所得税的年度汇算清缴。此时，应将全年取得的工资薪金（包括加班费赔偿）等所有应税收入合并计算，根据全年应纳税所得额和适用的税率表，计算应缴纳的个人所得税额，并与已预缴的税额进行比对，多退少补。
申报材料准备：
- 在进行申报时，员工（或公司作为扣缴义务人）需要准备相关的收入证明材料，如工资条、加班记录、赔偿协议等，以证明加班费赔偿的收入情况。
- 如果通过网上或移动终端申报，需按照系统提示填写相关信息并上传电子版材料。
提交申报并缴纳税款：
- 完成申报表的填写和材料准备后，员工（或公司）应按照规定的时间节点向主管税务机关提交申报并缴纳应纳税款。
- 如果选择网上或移动终端申报，可以通过电子税务局等平台完成税款的缴纳。
三、注意事项
- 及时申报与缴纳：员工应确保在规定的时间内完成个人所得税的申报和缴纳工作，以避免产生滞纳金或罚款等不必要的费用。
- 准确计算应纳税所得额：在计算应纳税所得额时，员工应确保将所有应税收入（包括加班费赔偿）都纳入计算范围，并正确扣除相关费用（如基本减除费用、专项扣除、专项附加扣除等）。
- 保留相关凭证：员工应妥善保管与加班费赔偿相关的凭证和材料，以备税务机关进行核查。
四、特殊情况处理
如果员工因加班费赔偿问题与公司发生争议并诉诸法律途径，且最终法院判决公司需支付加班费赔偿及相应利息或违约金等，那么这些额外收入也应计入应纳税所得额中并申报缴纳个人所得税。此时，员工应在收到法院判决后及时调整申报材料并重新进行申报。
综上所述，员工起诉公司赔偿的加班费在个人所得税申报方面应遵循上述流程和要求进行操作。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请及时咨询当地主管税务机关或专业税务人士。