核心结论：已签离职补偿金协议后又申请仲裁，个税申报需分情况处理，具体如下：

1. 若仲裁未改变补偿金金额或性质
   若仲裁结果未对原离职补偿金的金额、支付主体或性质（如经济补偿金、赔偿金、代通知金等）产生实质性变更，则个税申报仍按原协议约定处理：

   • 经济补偿金：根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号），个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过部分按“工资、薪金所得”项目计征个税。
     
   • 赔偿金/违约金：若补偿金性质为赔偿金（如违法解除赔偿金），通常需全额并入“工资、薪金所得”计征个税，无免税额度。
     
   • 申报时间：应在取得补偿金的次月15日内，由支付方（原用人单位）代扣代缴个税，或个人自行申报（如无代扣代缴情形）。

2. 若仲裁变更了补偿金金额或性质
   若仲裁裁决调整了补偿金金额（如增加赔偿金额）或改变了性质（如将经济补偿金认定为赔偿金），需按以下步骤处理：

   • 重新计算应纳税额：根据仲裁结果，区分免税部分与应税部分，重新计算个税。例如，若仲裁增加的补偿金属于赔偿金，需全额计税；若原补偿金未超过免税额度但仲裁后总额超过，则仅对超出部分计税。
     
   • 申报调整：
     
     • 支付方代扣代缴：若补偿金仍由原用人单位支付，用人单位需根据仲裁结果重新计算个税，并在支付时补扣或退还多扣税款，次月15日内完成申报。
       
     • 个人自行申报：若补偿金由个人直接取得（如用人单位已注销），或原用人单位未履行代扣代缴义务，个人需在取得收入的次月15日内，向主管税务机关自行申报并缴纳个税。
       
   • 特殊情形：若仲裁结果涉及补发补偿金（如原协议金额低于法定标准），需按实际取得时间分段计算个税，可能涉及跨年申报或退税流程。

3. 实务建议

   • 保留证据：妥善保存离职协议、仲裁裁决书、补偿金支付凭证等材料，以备税务机关核查。
     
   • 主动沟通：若对个税计算有疑问，可联系原用人单位财务部门或当地税务机关（如12366热线）确认申报方式。
     
   • 及时处理：避免因申报延迟导致滞纳金或罚款，尤其涉及补税情形时，需在税务机关规定的期限内完成缴纳。

提示：个税申报需严格依据仲裁结果与税法规定，若补偿金性质复杂或金额较大，建议提供具体材料进一步分析，以确保合规。