公司违反劳动法支付的赔偿金，在申报个税时需根据赔偿金的性质进行区分处理，具体如下：

1. 属于工资薪金性质的赔偿金
   若赔偿金属于对劳动者未发放工资的补发（如拖欠工资、加班费等），或属于经济补偿中按“工资薪金”标准计算的部分（如未休年假工资、未签劳动合同双倍工资差额等），需按“工资薪金所得”项目申报个税。

   • 申报方式：由公司在支付时代扣代缴个人所得税，并入当月工资薪金总额计算个税。
     
   • 法律依据：根据《个人所得税法》第二条，工资、薪金所得属于应税所得，需缴纳个人所得税。

2. 属于经济补偿性质的赔偿金
   若赔偿金属于解除劳动合同的经济补偿（如N、N+1等），需区分是否超过当地上年度职工平均工资3倍：

   • 未超过3倍部分：免征个人所得税，公司无需代扣代缴。
     
   • 超过3倍部分：按“工资薪金所得”项目申报个税，适用综合所得税率表计算。
     
   • 申报方式：公司需在支付时代扣代缴，并在个税申报系统中选择“解除劳动合同一次性补偿金”项目填报。
     
   • 法律依据：根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号），个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入，在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个税。

3. 属于赔偿性收入的赔偿金
   若赔偿金属于对劳动者损失的赔偿（如违法解除劳动合同的赔偿金2N、未缴纳社保的赔偿等），需按“偶然所得”或“其他所得”项目申报个税（具体以税务机关认定为准）：

   • 申报方式：由公司代扣代缴，税率通常为20%。
     
   • 法律依据：根据《个人所得税法实施条例》第六条，偶然所得是指个人得奖、中奖、中彩以及其他偶然性质的所得。部分地方税务机关可能将赔偿性收入视为“其他所得”征税。

温馨提示：

• 赔偿金的性质认定需结合具体案情和税务机关解释，建议保留劳动合同、解除协议、赔偿金支付凭证等材料备查。
  
• 若对个税申报有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细指导。