因农用地租赁产生的纠纷，一般由农业农村部门或自然资源部门管理，若进入诉讼程序则由法院管辖，具体分以下几种情况：

1. 合同履行争议：若纠纷主要涉及租赁合同条款履行（如租金支付、土地用途变更、租赁期限争议等），根据《民法典》合同编规定，农业农村部门作为农用地租赁的主管部门，可介入调解；若调解不成，当事人可向土地所在地基层法院提起民事诉讼。

2. 土地性质争议：若纠纷涉及农用地是否被非法转为建设用地（如未经审批建房、挖沙等），根据《土地管理法》第七十七条，自然资源部门（原国土资源部门）有权查处非法占地行为，当事人可向其举报或申请行政处理；若对行政处理结果不服，可提起行政诉讼。

3. 集体组织成员权益争议：若纠纷涉及农村集体经济组织成员因土地租赁侵害其权益（如未经民主议定程序对外发包、租金分配不公等），根据《村民委员会组织法》第二十四条，乡镇政府可责令村集体改正；若涉及侵权赔偿，仍需通过民事诉讼解决。

实务建议：

• 调解优先：可先向当地农业农村部门或乡镇政府申请调解，降低维权成本；
• 证据固定：保留租赁合同、付款凭证、土地现状照片等关键证据；
• 程序衔接：若行政处理与民事诉讼并行，注意诉讼时效中断规则（如向行政部门投诉可中断诉讼时效）。

提示：农用地租赁纠纷常涉及“民行交叉”问题（如合同效力与土地违法认定），建议根据具体争议焦点选择维权路径，必要时可委托律师协助梳理法律关系。若有进一步疑问，可直接向我咨询具体案情。