在虚开增值税专用发票案件中，若被认定为单位犯罪且案件进入法院阶段，税款的补缴是量刑和处罚的重要环节，直接影响单位及直接责任人员的刑事责任。以下是具体处理方式及法律依据：

1. 税款补缴的主体与责任

• 单位责任：根据《刑法》第205条，单位犯虚开增值税专用发票罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员判处刑罚。税款补缴是单位的法定义务，需通过单位账户或税务机关指定方式完成。
• 个人连带责任：若单位已注销或无力补缴，税务机关可追缴直接责任人员的个人财产（如法定代表人、财务负责人等），但需以单位财产不足为前提。

2. 补缴税款的时间节点

• 法院审理阶段：在案件审理过程中，单位可主动向税务机关补缴应纳税款、滞纳金及罚款。此时补缴可能作为量刑情节，争取从轻或减轻处罚。
• 判决生效后：若未在审理阶段补缴，判决生效后仍需补缴，但此时已丧失量刑优惠机会，且可能面临更严厉的罚金或执行措施。

3. 补缴税款的范围

• 应纳税款：根据虚开的发票金额，按适用税率计算应补缴的增值税额。
• 滞纳金：自税款缴纳期限届满之日起，按日加收万分之五的滞纳金。
• 罚款：税务机关可处不缴或少缴税款50%以上5倍以下的罚款（依据《税收征收管理法》第63条）。

4. 补缴税款的程序

• 主动申报：单位需向主管税务机关提交《补缴税款申请书》，说明虚开事实、补缴金额及计算依据。
• 税务核查：税务机关将核查虚开发票对应的交易真实性，确认应补缴税款金额。
• 缴纳税款：通过银行转账或税务机关指定方式完成缴纳，并取得完税证明。
• 提交法院：将完税证明、税务处理决定书等材料提交法院，作为从宽处理的依据。

5. 补缴税款对量刑的影响

• 从宽情节：根据《刑法》及相关司法解释，在提起公诉前补缴应纳税款、缴纳滞纳金或接受行政处罚的，可不予追究刑事责任；在审判阶段补缴的，可酌情从轻处罚。
• 罚金减免：单位已补缴税款及罚款的，法院可能酌情减少罚金数额。
• 缓刑适用：若单位犯罪情节较轻且已补缴税款，直接责任人员可能更易符合缓刑条件。

6. 注意事项

• 避免“以罚代刑”：补缴税款不免除刑事责任，但可减轻处罚。若虚开金额巨大或情节严重，仍可能面临重罚。
• 证据固定：保留补缴税款的凭证、税务机关的核查文件等，以备法院审查。
• 专业协助：建议委托税务律师协助处理补缴程序，确保合规性并最大化争取量刑优惠。

总结：单位在法院阶段补缴税款需通过税务机关完成，范围包括应纳税款、滞纳金及罚款。主动补缴可作为重要量刑情节，但需结合案件具体情节（如虚开金额、主观恶性等）综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。