虚开增值税犯罪案件追回的税款会依法上缴国库。具体处理方式如下：

一. 税款上缴国库

• 在虚开增值税犯罪案件中，一旦税款被成功追回，这些税款会按照法律规定上缴至国库。这是国家财政收入的一部分，用于支持国家的各项开支和发展。

二. 处理流程与法律依据

1. 清查财务与计算应补税款：税务机关会首先对涉案企业或个人的财务状况进行详细清查，以精确计算出应追缴的税款数额。这一步骤是确保税款追缴的准确性和公正性的基础。
2. 采取强制措施：为保障税款能够足额追缴入库，税务机关可能会采取查封、扣押、冻结财产等强制措施。这些措施旨在防止涉案方转移财产或逃避税款追缴。
3. 税款清偿与上缴：若涉案方有其他合法的财产或收入，这些也会被用于清偿所欠税款。一旦税款被全部追回，税务机关会依法将其上缴至国库。
4. 法律依据：根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，税务机关有权依法追缴流失的税款，并且追缴的税款应当上缴国库。这一规定为税款的处理提供了明确的法律依据。

三. 总结

• 虚开增值税犯罪案件追回的税款，经过清查财务、计算应补税款、采取强制措施以及税款清偿与上缴等流程后，最终会依法上缴国库。这一处理流程既体现了法律的公正性，也保障了国家财政收入的稳定性。

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