结论前置：特殊情况下辞职，公司是否会扣工资主要取决于员工辞职的具体情形以及是否遵循了法定程序。一般情况下，员工依法辞职且完成工作交接，公司无权扣工资；但在特定情形下，如员工未履行法定通知义务、违反服务期或竞业限制约定、因过错造成公司损失或违反公司规章制度，公司可以依法扣除部分工资。
一般情况：依法辞职且完成交接，公司无权扣工资
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。员工依法享有取得劳动报酬的权利。在员工按照法定程序辞职并办好交接手续的情况下，公司应当在解除或终止劳动合同时一次性付清劳动者工资，这包括正常工作时间的工资、加班工资、奖金、津贴和补贴等应得收入。
- 辞职程序：劳动者需提前三十日以书面形式通知公司（试用期内提前三日），以解除劳动合同。只要履行了这一法定通知义务并正常办理离职手续，公司就应当按时支付工资。
特殊情况：公司可依法扣除部分工资
未履行法定通知义务：
- 若劳动者未按照法律规定的时间和方式提前通知公司就擅自离职，给公司造成经济损失的，公司可以要求劳动者赔偿损失。赔偿费用可能会从工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
违反服务期约定：
- 若公司为劳动者提供专项培训费用，并进行专业技术培训，同时与劳动者订立协议约定服务期，而劳动者违反该约定辞职的，应当按照约定向公司支付违约金。违约金的数额不得超过公司提供的培训费用，且公司要求劳动者支付的违约金不得超过服务期尚未履行部分所应分摊的培训费用。这部分违约金可能会从工资中扣除。
违反竞业限制约定：
- 当劳动者与公司签订竞业限制协议后，若离职后违反该约定（如到与公司有竞争关系的单位工作），应当按照约定向公司支付违约金。违约金的具体数额根据双方的约定执行，公司有权从工资或经济补偿中扣除。
员工过错造成损失：
- 若员工在工作中因自身过错给公司造成经济损失，公司可按照劳动合同约定要求其赔偿经济损失。赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，扣除规则同上。
违反公司规章制度：
- 若员工严重违反了公司的规章制度（如劳动纪律、商业秘密保护等），且该规章制度已经法定程序制定并公示，公司可根据规定扣除相应工资作为处罚。
结算方式与内容
- 结算时间：公司应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资，通常是在员工办理完离职手续的当日或约定的合理期限内。
- 结算内容：工资结算应包括员工应得的所有收入，如正常工作时间的工资、加班工资、奖金、津贴和补贴等，需按照劳动合同约定的工资标准进行核算。
维权途径
若公司无故克扣辞职员工的工资，劳动者可通过以下途径维护自身权益：
- 向劳动监察部门投诉：要求公司支付被扣押的工资。
- 申请劳动仲裁：如果投诉无果，可以向当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，通过法律途径解决争议。
建议：在辞职前，建议你仔细阅读劳动合同和公司相关政策，确保了解所有可能涉及的经济事项。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，以获取准确信息和指导。这样可以避免不必要的纠纷，确保辞职过程顺利且合法权益得到保障。