在有合同的情况下辞职，工资是否会被扣除需根据具体情况判断。若劳动者依法履行通知义务且无违约行为，用人单位不得克扣工资；若因劳动者擅自离职或违约行为给用人单位造成损失，则可能面临工资扣除。以下是对此问题的详细分析：
一、不会扣工资的情况
合法程序离职：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，劳动者提前三十日（试用期为三日）以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。在此情况下，若劳动者无违反劳动合同约定的行为，如未完成工作交接等，用人单位应正常结算并支付工资，不得随意克扣。
- 实例说明：小李在一家公司工作，合同期为3年。工作1年后，因个人原因决定辞职，并提前30日提交书面申请。离职手续办完后，公司应足额支付小李的工资。
无过错离职：
- 劳动者在离职过程中未给用人单位造成任何实际经济损失，且已按照法定程序或合同约定履行了离职手续，用人单位无权克扣工资。
二、可能会扣工资的情况
未经提前通知擅自离职：
- 若劳动者未经提前通知擅自离职，导致用人单位产生实际损失，如招聘替代人员的费用、生产延误等，用人单位有权要求劳动者赔偿损失。在赔偿范围内，用人单位可从劳动者工资中扣除相应金额，但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
违反劳动合同约定：
- 如劳动合同中有关于中途离职扣工资的特别约定，且该条款合法有效（即双方真实意思表示、不违反法律强制性规定），则双方应按照合同约定执行。但同样地，扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
- 劳动者违反保密协议或竞业限制约定，给用人单位造成商业秘密泄露或竞争利益损失等情况，用人单位也有权要求合理赔偿，并从工资中扣除。
- 实例说明：小张接受公司5万元的专项培训后，约定5年服务期但2年后辞职，且未按照约定支付违约金。公司可要求小张支付相应违约金，并从其工资中合理扣除，但扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
三、其他注意事项
工资结算：
- 无论劳动者是否提前通知用人单位离职，用人单位都应根据劳动者实际提供的劳动天数来计算工资，并在离职时一次性结清。
维权途径：
- 若用人单位无故克扣劳动者工资，劳动者可通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等合法途径来维护自己的合法权益。
总结与建议：
在有合同的情况下辞职，工资是否会被扣除主要取决于劳动者离职的原因、是否给用人单位造成损失以及劳动合同中的具体约定。为避免不必要的工资扣除风险，劳动者应依法离职并履行相应义务，如提前通知用人单位、办理工作交接手续等。同时，用人单位也应遵守相关法律法规，不得随意克扣劳动者工资。
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