结论：部门与报刊发行部门签订稿件刊发协议并付费这一行为本身并不违规，但具体是否合规还需根据协议内容、双方资质以及相关法律法规进行综合判断。以下从多个角度进行分析：

一、协议签订与付费的合法性

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体有权根据自己的意愿设立、变更、终止民事法律关系。因此，部门与报刊发行部门之间签订稿件刊发协议，是双方自愿、平等、协商一致的结果，符合合同自由原则。

2. 付费行为的合法性：

   • 付费是合同履行的一部分，只要付费行为符合合同约定，且没有违反法律法规的强制性规定，就是合法的。部门按照协议约定向报刊发行部门支付稿费或其他费用，是履行合同义务的表现。

二、需注意的合规要点

1. 协议内容合法性：

   • 协议内容应合法、合规，不得违反国家法律法规的强制性规定。例如，协议中不得包含侵犯他人知识产权、违反公序良俗等条款。
   • 协议应明确双方的权利和义务，包括稿件的提交、审核、刊发、付费等各个环节的具体要求和时限。

2. 双方资质合规性：

   • 部门和报刊发行部门应具备签订和履行协议的合法资质。例如，报刊发行部门应具有合法的出版资质，部门应具有签订合同的合法权限。
   • 如果涉及特殊行业或领域，如新闻出版、广告等，还需遵守相关行业的法律法规和监管要求。

3. 税务合规性：

   • 付费行为应依法纳税，部门在支付费用时应要求报刊发行部门提供合法的发票或税务凭证，以确保税务合规。

三、可能存在的风险及防范

1. 知识产权风险：

   • 部门应确保提交的稿件不侵犯他人的知识产权，如著作权、商标权等。否则，可能面临法律纠纷和赔偿责任。
   • 报刊发行部门在刊发稿件前，也应进行必要的知识产权审核，以避免侵权风险。

2. 合同履行风险：

   • 双方应严格按照协议约定履行各自的义务，如部门未按时提交稿件或报刊发行部门未按时刊发稿件等，都可能构成违约行为。
   • 为防范合同履行风险，双方可以在协议中约定违约责任和争议解决方式等条款。

四、建议

• 在签订协议前：部门和报刊发行部门应充分了解相关法律法规和监管要求，确保协议内容合法、合规。
• 在履行协议过程中：双方应严格按照协议约定履行各自的义务，及时沟通、协商解决可能出现的问题。
• 在遇到法律纠纷时：双方应积极寻求法律途径解决争议，如协商、调解、仲裁或诉讼等。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。