结论：杂志违规与单位签订协议是否合法，需根据具体情况判断，包括违规的性质、协议内容是否违反法律法规的强制性规定等。
分析：
违规的性质：
- 若杂志的违规行为仅涉及内部管理、编辑规范等轻微问题，且未违反法律法规的强制性规定，那么与单位签订的协议在形式上可能是合法的。但需注意，若协议内容涉及利用违规行为获取利益，则可能因目的不合法而导致协议无效。
- 若杂志的违规行为涉及违法内容，如传播虚假信息、侵犯他人知识产权等，则与单位签订的协议很可能因违反法律法规的强制性规定而无效。
协议内容：
- 协议内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。若协议中包含违法条款，如要求单位支付违法所得、进行不正当竞争等，则该协议无效。
- 协议内容应明确双方的权利和义务，确保协议的公平性和合理性。若协议内容存在显失公平、欺诈等情形，也可能影响协议的效力。
法律后果：
- 若协议被认定为无效，双方应返还因协议取得的财产，有过错的一方应赔偿对方因此所受到的损失。
- 若杂志的违规行为构成犯罪，如传播虚假信息罪、侵犯著作权罪等，则相关责任人员可能面临刑事处罚。
建议：
- 审查协议内容：在签订协议前，单位应仔细审查协议内容，确保协议合法、合规，并明确双方的权利和义务。
- 咨询专业律师：若对协议的合法性存在疑虑，建议咨询专业律师进行法律审查，以避免潜在的法律风险。
- 关注杂志合规性：单位在与杂志合作时，应关注杂志的合规性，避免与存在违规行为的杂志签订协议。
可能的法律后果举例：
- 假设某杂志因传播虚假信息被行政处罚，后与单位签订广告合作协议。若协议中涉及利用该虚假信息进行宣传的内容，则该协议可能因违反法律法规的强制性规定而无效。单位可能因此面临广告费用无法追回、声誉受损等法律后果。
进一步思考：
- 在签订协议时，单位应充分考虑杂志的合规性和信誉度，避免因杂志的违规行为而牵连自身。
- 若发现杂志存在违规行为，单位应及时与杂志沟通并要求其整改，必要时可解除协议并追究其违约责任。
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