水利部门土地被侵占，可通过以下法律途径处理：

1. 确认土地权属与侵占事实
   首先需明确被侵占土地的权属归属（如国有土地使用权证、划拨文件等），并收集侵占行为的证据（如现场照片、视频、证人证言、土地测量报告等）。若土地权属存在争议，需先通过行政确权程序（如向自然资源部门申请确权）或民事诉讼确认权属，再主张侵权责任。

2. 行政途径：要求行政机关介入

   • 向自然资源部门举报：根据《土地管理法》第七十七条，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并可处罚款。水利部门可向当地自然资源局提交书面举报材料，要求依法查处。
     
   • 申请行政强制执行：若侵占人拒不履行行政处罚决定，自然资源部门可申请法院强制执行。水利部门可协助提供证据并督促行政机关履职。
     
   • 水行政主管部门介入：若侵占行为涉及水利设施（如河道、堤防、水库管理范围），根据《水法》第六十五条，水行政主管部门可责令停止违法行为，限期清除障碍或采取补救措施，并可处罚款；逾期不履行的，可强制执行并承担费用。

3. 民事诉讼：主张侵权赔偿

   • 起诉侵占人：以土地使用权人身份提起民事诉讼，要求侵占人停止侵害、返还土地、恢复原状，并赔偿因侵占导致的损失（如土地收益损失、修复费用等）。
     
   • 证据要求：需提供土地权属证明、侵占行为证据、损失计算依据（如评估报告）等。若侵占行为持续，可主张排除妨碍或消除危险。

4. 刑事报案：追究刑事责任
   若侵占行为符合《刑法》第三百四十二条（非法占用农用地罪）或第二百九十三条（寻衅滋事罪）等情形（如破坏耕地、强行侵占且情节恶劣），可向公安机关报案，要求追究侵占人刑事责任，并附带民事赔偿请求。

建议行动步骤：

1. 立即固定证据（如公证取证、委托测绘）；
   
2. 向当地自然资源部门或水行政主管部门提交书面举报材料；
   
3. 同步委托律师起草律师函，警告侵占人限期整改；
   
4. 若行政途径无果，尽快启动民事诉讼或刑事报案程序。
   

注意事项：

• 水利部门土地可能涉及公共利益，处理时需平衡权益保护与公共安全；
  
• 若侵占行为涉及政府征收程序违法（如未补偿即强占），可另行主张行政赔偿；
  
• 地方性法规（如《XX省水利工程管理条例》）可能有特殊规定，需结合具体案情分析。
  

如有进一步细节（如土地性质、侵占方式、是否涉及政府行为等），可向我补充说明，以便提供更精准的建议。